ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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SHELX | モデル構築 | SHELXL-97 | 精密化 | ADSC | データ収集 | HKL-2000 | データスケーリング | X-PLOR | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V4F 解像度: 1.4→8 Å / Num. parameters: 4655 / Num. restraintsaints: 5584 Isotropic thermal model: anisotropic for peptide, isotropic for water 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.214 | 657 | - | RANDOM |
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Rwork | 0.16 | - | - | - |
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all | - | 10254 | - | - |
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obs | - | 10911 | 85.5 % | - |
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 482.5 / Occupancy sum non hydrogen: 720.5 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 558 | 0 | 0 | 170 | 728 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | s_bond_d0.009 | X-RAY DIFFRACTION | s_angle_d0.023 | X-RAY DIFFRACTION | s_similar_dist0 | X-RAY DIFFRACTION | s_from_restr_planes0.0255 | X-RAY DIFFRACTION | s_zero_chiral_vol0.046 | X-RAY DIFFRACTION | s_non_zero_chiral_vol0.052 | X-RAY DIFFRACTION | s_anti_bump_dis_restr0.009 | X-RAY DIFFRACTION | s_rigid_bond_adp_cmpnt0.003 | X-RAY DIFFRACTION | s_similar_adp_cmpnt0.027 | X-RAY DIFFRACTION | s_approx_iso_adps0.038 | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rwork | Refine-ID | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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1.4-1.46 | 0.196 | X-RAY DIFFRACTION | 1057 | 0.103 | 1.46-1.53 | 0.206 | X-RAY DIFFRACTION | 1030 | 0.1 | 1.53-1.6 | 0.184 | X-RAY DIFFRACTION | 1001 | 0.097 | 1.6-1.69 | 0.164 | X-RAY DIFFRACTION | 1041 | 0.102 | 1.69-1.81 | 0.158 | X-RAY DIFFRACTION | 1007 | 0.098 | 1.81-1.95 | 0.157 | X-RAY DIFFRACTION | 1032 | 0.101 |
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