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- PDB-2dm6: Crystal structure of anti-configuration of indomethacin and leuko... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dm6
タイトルCrystal structure of anti-configuration of indomethacin and leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase complex
要素NADP-dependent leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(P)-binding Rossmann-fold domains / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase (NADPH) activity / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / : / 15-oxoprostaglandin 13-oxidase [NAD(P)+] activity / prostaglandin metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / Medium-chain dehydrogenase/reductase / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INDOMETHACIN / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Prostaglandin reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hori, T. / Ishijima, J. / Yokomizo, T. / Ago, H. / Shimizu, T. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of anti-configuration of indomethacin and leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase complex reveals the structural basis of broad ...タイトル: Crystal structure of anti-configuration of indomethacin and leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase complex reveals the structural basis of broad spectrum indomethacin efficacy
著者: Hori, T. / Ishijima, J. / Yokomizo, T. / Ago, H. / Shimizu, T. / Miyano, M.
履歴
登録2006年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase
B: NADP-dependent leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4726
ポリマ－72,4642
非ポリマー2,0084
水10,809600
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.253, 76.075, 79.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NADP-dependent leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase / dehydrogenase/reductase / LTB4 / 12-HD / 15-oxoprostaglandin 13-reductase / PGR


分子量: 36231.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9EQZ5, 2-alkenal reductase [NAD(P)+], 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-IMN / INDOMETHACIN / インドメタシン


分子量: 357.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClNO4 / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: oil batch / pH: 6.4
詳細: 20% PEG 4000, 50mM magnesium chloride, 0.1M MES, pH 6.4, oil batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月7日
放射モノクロメーター: Diamond crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 45006 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.624 / Net I/σ(I): 51.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible obs: 84.1 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Num. unique obs: 3844 / Χ2: 1.155 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→34.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.451 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2216 4.9 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 45006 --
obs-44983 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.04 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5079 0 132 600 5811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1152.0067213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2135662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.07524.949198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86115927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.22557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23647
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0861.53401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.74725266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.35232232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2254.51947
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 153 -
Rwork0.203 2589 -
obs-2742 81.51 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.4661 Å / Origin y: 68.0649 Å / Origin z: 8.8792 Å
111213212223313233
T0.0443 Å2-0.0331 Å20.0174 Å2-0.0517 Å20.0252 Å2--0.0679 Å2
L0.3106 °2-0.0599 °20.4233 °2-0.0634 °2-0.021 °2--0.6479 °2
S0.0009 Å °0.0114 Å °-0.021 Å °0.0328 Å °0.0192 Å °0.0218 Å °0.0126 Å °-0.0227 Å °-0.0201 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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