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- PDB-2deb: Crystal structure of rat carnitine palmitoyltransferase 2 in spac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2deb
タイトルCrystal structure of rat carnitine palmitoyltransferase 2 in space group C2221
要素Carnitine O-palmitoyltransferase II, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / central six-stranded beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


carnitine O-palmitoyltransferase / carnitine O-palmitoyltransferase activity / Carnitine shuttle / carnitine O-octanoyltransferase activity / carnitine metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / response to fatty acid / acyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / long-chain fatty acid transport ...carnitine O-palmitoyltransferase / carnitine O-palmitoyltransferase activity / Carnitine shuttle / carnitine O-octanoyltransferase activity / carnitine metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / response to fatty acid / acyltransferase activity / fatty acid beta-oxidation / long-chain fatty acid transport / positive regulation of cold-induced thermogenesis / in utero embryonic development / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #180 / Carnitine o-acyltransferase, N-terminal / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain ...Monooxygenase - #180 / Carnitine o-acyltransferase, N-terminal / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Monooxygenase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PALMITIC ACID / Carnitine O-palmitoyltransferase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rufer, A.C. / Thoma, R. / Benz, J. / Stihle, M. / Gsell, B. / De Roo, E. / Banner, D.W. / Mueller, F. / Chomienne, O. / Hennig, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The crystal structure of carnitine palmitoyltransferase 2 and implications for diabetes treatment
著者: Rufer, A.C. / Thoma, R. / Benz, J. / Stihle, M. / Gsell, B. / De Roo, E. / Banner, D.W. / Mueller, F. / Chomienne, O. / Hennig, M.
履歴
登録2006年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnitine O-palmitoyltransferase II, mitochondrial
B: Carnitine O-palmitoyltransferase II, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5987
ポリマ－148,2582
非ポリマー2,3405
水24,5721364
1
A: Carnitine O-palmitoyltransferase II, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1533
ポリマ－74,1291
非ポリマー1,0242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carnitine O-palmitoyltransferase II, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4454
ポリマ－74,1291
非ポリマー1,3163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.180, 97.290, 310.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Carnitine O-palmitoyltransferase II, mitochondrial / CPT II


分子量: 74128.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18886, carnitine O-palmitoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15M DL-malic acid 20% (w/v) PEG 3350 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月4日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator (19.65m, focusing sagittal-horizontal) bendable mirror (20.50 m focusing meridional-vertical)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→23 Å / Num. all: 189041 / Num. obs: 188487 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.04
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 7.24 / Num. unique all: 28337 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.295 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19375 9462 5 %RANDOM
Rwork0.16512 ---
obs0.16655 179022 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10068 0 110 1364 11542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.96114153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79321662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60151251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6623.73504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.533151739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6761569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.22188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.29315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.25123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.25578
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.21007
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.40426408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.71422508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.083310180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.76744455
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.80863973
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 695 -
Rwork0.17 13116 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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