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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dbl | ||||||
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タイトル | MOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEMENTARITY | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of phagocytosis ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Arevalo, J.H. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Molecular basis of crossreactivity and the limits of antibody-antigen complementarity. 著者: Arevalo, J.H. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Analysis of Antibody Specificity: Detailed Comparison of Five Fab'-Steroid Complexes 著者: Arevalo, J.H. / Hassig, C.A. / Stura, E.A. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Three-Dimensional Structure of an Anti-Steroid Fab' and Progesterone-Fab' Complex 著者: Arevalo, J.H. / Stura, E.A. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A. #3: ジャーナル: Immunology / 年: 1987 タイトル: Analysis of an Anti-Progesterone Antibody: Variable Crystal Morphology of the Fab' and Steroid-Fab' Complexes 著者: Stura, E.A. / Arevalo, J.H. / Feinstein, A. / Heap, R.B. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dbl.cif.gz | 96.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dbl.ent.gz | 73.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dbl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 95 / 3: CIS PROLINE - PRO L 141 / 4: CIS PROLINE - PRO H 149 / 5: CIS PROLINE - PRO H 151 / 6: CIS PROLINE - PRO H 202 |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23880.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1589925 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23754.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868 |
#3: 化合物 | ChemComp-S5H / |
非ポリマーの詳細 | THE 5-ALPHA-PREGNANE-3-BETA-OL-HEMISUCCINATE MOLECULE (S5H) IS LOCATED BETWEEN THE COMPLEMENTARITY- ...THE 5-ALPHA-PREGNANE-3-BETA-OL-HEMISUCCIN |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→6 Å / Rfactor Rwork: 0.205 / Rfactor obs: 0.205 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.082 |