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万見
- PDB-2da8: SOLUTION STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN (N-MECYS3,N-MECYS7)TANDEM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2da8
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN (N-MECYS3,N-MECYS7)TANDEM AND (D(GATATC))2
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
  • TRIOSTIN A
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / BISINTERCALATOR / DEPSIPEPTIDE / QUINOXALINE / ANTIBIOTIC / ANTITUMOR / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCINEAE (バクテリア)
手法溶液NMR / ENERGY MINIMIZATION, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, NOE BASED RELAXATION REFINEMENT
データ登録者Addess, K.J. / Sinsheimer, J.S. / Feigon, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Solution Structure of a Complex between [N-Mecys3,N-Mecys7]Tandem and [D(Gatatc)]2.
著者: Addess, K.J. / Sinsheimer, J.S. / Feigon, J.
履歴
登録1993年4月9日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42017年11月1日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly.method_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSTIN A
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*C)-3')
A: 2-CARBOXYQUINOXALINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7325
ポリマ－4,3833
非ポリマー3482
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area3330 Å2
手法PISA
Atom site foot note1: RESIDUES SER A 1 AND SER B 1 ARE D-AMINO ACIDS.
2: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 1 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: ALA B 2 - CYS B 3 MODEL 1 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 2 OMEGA = 0.02 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 3 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: ALA B 2 - CYS B 3 MODEL 3 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 4 OMEGA =359.98 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
8: ALA B 2 - CYS B 3 MODEL 4 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
9: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 5 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
10: ALA B 2 - CYS B 3 MODEL 5 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
11: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 6 OMEGA = 0.02 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
12: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 7 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
13: ALA A 2 - CYS A 3 MODEL 8 OMEGA = 0.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 8all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRIOSTIN A


分子量: 766.928 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 詳細: VALINE AT POSITIONS 4 AND 8 / 由来: (合成) STREPTOMYCINEAE (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01129
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*AP*TP*C)-3')


分子量: 1808.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE / キノキサリン-2-カルボン酸


分子量: 174.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: FOR DISTANCE GEOMETRY, FULL STRUCTURE EMBEDS WERE DONE USING THE PROGRAM DSPACE (HARE RESEARCH, INC.) AND SUBSTRUCTURE EMBEDS WERE DONE USING X-PLOR (A. T. BRUNGER, YALE UNIVERSITY). ALL ...Text: FOR DISTANCE GEOMETRY, FULL STRUCTURE EMBEDS WERE DONE USING THE PROGRAM DSPACE (HARE RESEARCH, INC.) AND SUBSTRUCTURE EMBEDS WERE DONE USING X-PLOR (A. T. BRUNGER, YALE UNIVERSITY). ALL REFINEMENT STEPS WERE DONE USING X-PLOR.

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
DSPACE構造決定
精密化手法: ENERGY MINIMIZATION, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, NOE BASED RELAXATION REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: EIGHT STRUCTURES WERE GENERATED BY DISTANCE GEOMETRY. TWO DIMENSIONAL DERIVED NOE AND DIHEDRAL BOND ANGLE CONSTRAINTS WERE USED THROUGHOUT ALL STAGES OF THE STRUCTURE CALCULATIONS. AVERAGE R ...詳細: EIGHT STRUCTURES WERE GENERATED BY DISTANCE GEOMETRY. TWO DIMENSIONAL DERIVED NOE AND DIHEDRAL BOND ANGLE CONSTRAINTS WERE USED THROUGHOUT ALL STAGES OF THE STRUCTURE CALCULATIONS. AVERAGE R VALUE FOR 8 STRUCTURES 0.21
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 8
NMR ensemble rmsAtom type: all heavy atoms / Distance rms dev: 1.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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