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- PDB-1ayj: DETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF RAPH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ayj
タイトルDETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF RAPHANUS SATIVUS ANTIFUNGAL PROTEIN 1 (RS-AFP1) BY 1H NMR, 20 STRUCTURES
要素ANTIFUNGAL PROTEIN 1
キーワードFUNGICIDE / PLANT DEFENSIN / CYSTEINE-STABILIZED ALFA/BETA MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Defensin-like protein 1 / Defensin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Raphanus sativus var. niger (アカマルハツカダイコン)
手法溶液NMR / DIANA, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Fant, F. / Borremans, F.A.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Determination of the three-dimensional solution structure of Raphanus sativus antifungal protein 1 by 1H NMR.
著者: Fant, F. / Vranken, W. / Broekaert, W. / Borremans, F.
#1: ジャーナル: Bull.Soc.Chim.Belg. / 年: 1997
タイトル: Solution Conformation of Raphanus Sativus Antifungal Protein 1 (Rs-Afp1) by 1H Nuclear Magnetic Resonance. Resonance Assignments, Secondary Structure and Global Fold
著者: Fant, F. / Vranken, W.F. / Martins, J.C. / Borremans, F.A.M.
履歴
登録1997年11月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_nmr_software ...entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIFUNGAL PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6861
ポリマ－5,6861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500LEAST RESTRAINT VIOLATION AND ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ANTIFUNGAL PROTEIN 1 / RS-AFP1


分子量: 5685.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Raphanus sativus var. niger (アカマルハツカダイコン)
器官: SEED / 生物種: Raphanus sativus / 株: var. niger / 参照: UniProt: P30231, UniProt: P69241*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121E.COSY
131NOESY
141TOCSY

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試料調製

試料状態pH: 4.2 / 温度: 305 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AM500 / 製造業者: Bruker / モデル: AM500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称開発者分類
DiscoverMSI/BIOSYM TECHNOLOGIES精密化
DIANA/REDAC構造決定
INSIGHTII/DISCOVER構造決定
精密化手法: DIANA, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL ADOPTED NILGES ET AL. 1988, FEBS LETTERS, VOL. 239, PP129-136. INSIGHT II ALSO WAS USED.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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