+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uj0 | ||||||
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Title | Crystal structure of the tomato defensin TPP3 | ||||||
Components | FLOWER-SPECIFIC GAMMA-THIONIN-LIKE PROTEIN/ACIDIC PROTEIN | ||||||
Keywords | ANTIBIOTIC / IMMUNE SYSTEM / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / PHOSPHOLIPID / PIP2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | SOLANUM LYCOPERSICUM (tomato) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Richter, V. / Lay, F.T. / Hulett, M.D. / Kvansakul, M. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell.Biol. / Year: 2015 Title: The Tomato Defensin Tpp3 Binds Phosphatidylinositol (4,5)-Bisphosphate Via a Conserved Dimeric Cationic Grip Conformation to Mediate Cell Lysis. Authors: Baxter, A.A. / Richter, V. / Lay, F.T. / Poon, I.K.H. / Adda, C.G. / Veneer, P.K. / Phan, T.K. / Bleackley, M.R. / Anderson, M.A. / Kvansakul, M. / Hulett, M.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uj0.cif.gz | 69 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uj0.ent.gz | 54.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uj0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/4uj0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4cqkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 5514.625 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SOLANUM LYCOPERSICUM (tomato) / Fragment: RESIDUES 25-73 / Plasmid: PPIC9 / Production host: KOMAGATAELLA PASTORIS (fungus) / References: UniProt: Q40128 #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 5.1 Details: 0.16 M AMMONIUM ACETATE, 24% (W/V) PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE AT PH 5.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→46.46 Å / Num. obs: 11889 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 34.7 % / Biso Wilson estimate: 20.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 51.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 38.1 % / Rmerge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4CQK Resolution: 1.7→33.24 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.4 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.109 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.58 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→33.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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