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万見
- PDB-2d3h: Crystal structures of collagen model peptides (Pro-Pro-Gly)4-Hyp-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d3h
タイトルCrystal structures of collagen model peptides (Pro-Pro-Gly)4-Hyp-Hyp-Gly-(Pro-Pro-Gly)4
要素COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / COLLAGEN / TRIPLE-HELIX / HYDROXYPROLINE
機能・相同性Saimiri transformation-associated protein / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / membrane / Saimiri transformation-associated protein
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Wu, G. / Noguchi, K. / Okuyama, K. / Mizuno, K. / Bachinger, H.P.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2009
タイトル: High-resolution structures of collagen-like peptides [(Pro-Pro-Gly)(4)-Xaa-Yaa-Gly-(Pro-Pro-Gly)(4)]: Implications for triple-helix hydration and Hyp(X) puckering.
著者: Okuyama, K. / Hongo, C. / Wu, G. / Mizuno, K. / Noguchi, K. / Ebisuzaki, S. / Tanaka, Y. / Nishino, N. / Bachinger, H.P.
履歴
登録2005年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
B: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
C: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
D: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
E: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
F: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8696
ポリマ－13,8696
非ポリマー00
水4,738263
1
A: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
B: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
C: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9353
ポリマ－6,9353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area3950 Å2
手法PISA
2
D: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
E: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4
F: COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9353
ポリマ－6,9353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area3890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.987, 26.668, 79.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
COLLAGEN MODEL PEPTIDES (PRO-PRO-GLY)4-HYP-HYP-GLY-(PRO-PRO-GLY)4


分子量: 2311.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS COLLAGEN MODEL TRIPLETT WAS CHEMICALLY SYSTHESIZED. Hyp-Hyp-Gly guest in Pro-Pro-Gly host peptide.
参照: UniProt: Q80BK4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 1000, ACETATE BUFFER, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月30日 / 詳細: 1.1-M-LONG BENT-PLANE MIRROR
放射モノクロメーター: Trianglualr Si(111) with an asymmetric angle of 7.8
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→26.61 Å / Num. obs: 32577 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.52 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.22→1.26 Å / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
CrystalClearデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2CUO

2cuo


解像度: 1.22→8 Å / Num. parameters: 10425 / Num. restraintsaints: 12967 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE POLYMER STRUCTURE CAN BE GENERATED FROM THE SUBMITTED ASYMMETRIC UNIT BY APPLYING THE (0 0 1) TRANSLATION USING FRACTIONAL COORDINATES. BOTH UP- AND DOWN- PUCKERINGS WERE OBSERVED FOR ...詳細: THE POLYMER STRUCTURE CAN BE GENERATED FROM THE SUBMITTED ASYMMETRIC UNIT BY APPLYING THE (0 0 1) TRANSLATION USING FRACTIONAL COORDINATES. BOTH UP- AND DOWN- PUCKERINGS WERE OBSERVED FOR PROLINE RING AT THE X POSITION OF THE GLY-X-Y SEQUENCE. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 1627 5.1 %RANDOM
Rwork0.1934 ---
all0.1964 32044 --
obs0.1964 32044 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 823 / Occupancy sum non hydrogen: 1158
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 0 263 1158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0282
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.145
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.076

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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