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万見
- PDB-2d2s: Crystal Structure of the Exo84p C-terminal Domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d2s
タイトルCrystal Structure of the Exo84p C-terminal Domains
要素Exocyst complex component EXO84
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / tethering complex / exocyst / Exo84p / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


exocyst assembly / exocyst localization / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis ...exocyst assembly / exocyst localization / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis / spliceosomal complex assembly / transport vesicle / intracellular protein localization / protein transport
類似検索 - 分子機能
Exo84p, N-terminal helical domain / Exo84p, C-terminal helical domain / PH domain found in exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily ...Exo84p, N-terminal helical domain / Exo84p, C-terminal helical domain / PH domain found in exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component EXO84
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Dong, G. / Hutagalung, A.H. / Fu, C. / Novick, P. / Reinisch, K.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The structures of exocyst subunit Exo70p and the Exo84p C-terminal domains reveal a common motif
著者: Dong, G. / Hutagalung, A.H. / Fu, C. / Novick, P. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2005年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exocyst complex component EXO84


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8371
ポリマ－26,8371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.850, 54.850, 209.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Exocyst complex component EXO84 / Exocyst complex protein of 84 kDa / U1-SNP1 associating protein 3


分子量: 26836.611 Da / 分子数: 1 / 断片: Exo84p C-terminal domains / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38261

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3000, iso-propanol, sodium cloride, dithiothreitol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.85→15 Å / Num. all: 13025 / Num. obs: 13025 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / % possible all: 57.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→15 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.306 1101 RANDOM
Rwork0.269 --
all0.31 13025 -
obs0.273 12362 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1742 0 0 0 1742

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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