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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cuo | ||||||
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タイトル | Collagen model peptide (PRO-PRO-GLY)9 | ||||||
![]() | COLLAGEN MODEL PEPTIDE (PRO-PRO-GLY)9 | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / COLLAGEN MODEL PEPTIDE / TRIPLE-HELIX / PUCKERING | ||||||
機能・相同性 | Saimiri transformation-associated protein / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / extracellular matrix organization / extracellular space / membrane / Saimiri transformation-associated protein![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hongo, C. / Noguchi, K. / Okuyama, K. / Tanaka, Y. / Nishino, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Repetitive interactions observed in the crystal structure of a collagen-model peptide, [(Pro-Pro-Gly)9]3 著者: Hongo, C. / Noguchi, K. / Okuyama, K. / Tanaka, Y. / Nishino, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ittS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2279.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COLLAGEN MODEL PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYSTHESIZED / 参照: UniProt: Q80BK4*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.9 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG400, ACETIC ACID, SODIUM AZIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月20日 / 詳細: 1-M-LONG BENT-CYLINDER MIRROR |
放射 | モノクロメーター: FIXED-EXIT DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→25.21 Å / Num. obs: 24336 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ITT 解像度: 1.33→8 Å / Num. parameters: 9953 / Num. restraintsaints: 12321 / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 918 / Occupancy sum non hydrogen: 1290 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→8 Å
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拘束条件 |
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