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万見
- PDB-2cna: THE COVALENT AND THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CONCANAVALIN A, I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cna
タイトルTHE COVALENT AND THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CONCANAVALIN A, IV.ATOMIC COORDINATES,HYDROGEN BONDING,AND QUATERNARY STRUCTURE
要素CONCANAVALIN A
キーワードLECTIN (AGGLUTININ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Reekejunior, G.N. / Becker, J.W. / Edelman, G.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: The covalent and three-dimensional structure of concanavalin A. IV. Atomic coordinates, hydrogen bonding, and quaternary structure.
著者: Reeke Jr., G.N. / Becker, J.W. / Edelman, G.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: The Covalent and Three-Dimensional Structure of Concanavalin A, I.Amino Acid Sequence of Cyanogen Bromide Fragments F1 and F2
著者: Wang, J.L. / Cunningham, B.A. / Waxdal, M.J. / Edelman, G.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: The Covalent and Three-Dimensional Structure of Concanavalin A, II.Amino Acid Sequence of Cyanogen Bromide Fragment F3
著者: Cunningham, B.A. / Wang, J.L. / Waxdal, M.J. / Edelman, G.M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1975
タイトル: The Covalent and Three-Dimensional Structure of Concanavalin A, III.Structure of the Monomer and its Interactions with Metals and Saccharides
著者: Becker, J.W. / Reekejunior, G.N. / Wang, J.L. / Cunningham, B.A. / Edelman, G.M.
#4: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#5: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
履歴
登録1975年4月1日処理サイト: BNL
改定 1.01977年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE MOLECULE CONTAINS TWO PLEATED SHEET STRUCTURES OF SEVEN ANTIPARALLEL STRANDS EACH. TWO ...SHEET THE MOLECULE CONTAINS TWO PLEATED SHEET STRUCTURES OF SEVEN ANTIPARALLEL STRANDS EACH. TWO STRANDS (5 AND 6) OF THE SHEET DESIGNATED *BK* AND ONE STRAND (6) OF THE SHEET DESIGNATED *FT* CONTAIN RESIDUES FROM DISCONTINUOUS PARTS OF THE AMINO ACID SEQUENCE. IN THE FORMAT SPECIFIED BY THE DATA BANK FOR REPRESENTING SUCH SHEETS ON SHEET CARDS, EACH SHEET IS LISTED TWICE. THE SINGLE *BK* SHEET IS LISTED ONCE AS *BK1* AND ONCE AS *BK2*, AND THE SINGLE *FT* SHEET IS LISTED ONCE AS *FT1* AND ONCE AS *FT2*. THESE REDUNDANT DESCRIPTIONS DO NOT IMPLY THE PRESENCE OF MORE THAN TWO SHEETS IN THE STRUCTURE. STRANDS 1,2,3,4 OF BK1 ARE THE SAME AS STRANDS 1,2,3,4 OF BK2. SIMILARLY, STRANDS 1,2,3, 4,5 OF FT1 ARE THE SAME AS STRANDS 1,2,3,4,5 OF FT2. THE NON-IDENTICAL STRANDS DESCRIBE THE DISJOINT SEGMENTS OF STRANDS 5 AND 6 OF THE *BK* SHEET AND STRAND 6 OF THE *FT* SHEET. IN ORDER TO PRESENT THE PLEATED SHEET STRUCTURE OF CON A IN A MORE EASILY UNDERSTOOD FORMAT, THE FOLLOWING REMARK CARDS CONTAIN A DESCRIPTION OF THE SHEETS LIKE THAT ON THE SHEET CARDS, EXCEPT THAT EACH SHEET IS LISTED ONCE ONLY, AND DISJOINT STRANDS ARE DESIGNATED BY LETTERS, E.G. 5A, 5B ETC. 1 BK 7 THR 73 VAL 79 0 2 BK 7 LYS 59 SER 66 -1 N VAL 75 O ALA 63 3 BK 7 GLY 48 SER 56 -1 N VAL 64 O HIS 51 4 BK 7 VAL 188 LYS 200 -1 N ILE 52 O ALA 193 5A BK 7 SER 108 LYS 116 -1 N GLU 192 O THR 112 5B BK 7 THR 103 ILE 106 -1 N LEU 198 O THR 105 6A BK 7 ASP 124 PHE 130 -1 N SER 113 O LEU 126 6B BK 7 ASN 153 LEU 156 -1 N ILE 106 O LEU 154 7 BK 7 THR 147 GLY 149 -1 N GLU 155 O THR 147 1 FNT 7 LYS 35 TRP 40 0 2 FNT 7 PRO 23 LYS 30 -1 N ALA 38 O ILE 25 3 FNT 7 ILE 4 THR 11 -1 N GLY 26 O GLU 8 4 FNT 7 ASP 208 SER 215 -1 N VAL 7 O PHE 212 5 FNT 7 GLU 87 THR 97 -1 N PHE 213 O GLY 92 6AFNT 7 SER 169 TYR 176 -1 N LEU 93 O ALA 173 6BFNT 7 VAL 179 ILE 181 -1 N VAL 89 O VAL 179 7 FNT 7 ASP 139 GLN 143 -1 N LEU 174 O ILE 141 SEVERAL RESIDUES WITHIN EACH SHEET STRUCTURE HAVE UNUSUAL CONFORMATIONS OR FORM UNUSUAL HYDROGEN BONDS. THESE PECULIARITIES ARE DOCUMENTED IN THE REFERENCES GIVEN. STRAND 6 OF SHEET BK1 HYDROGEN BONDS TO A SYMMETRY-RELATED STRAND IN ANOTHER PROTOMER TO FORM A 12-STRANDED ANTI- PARALLEL SHEET IN THE DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6913
ポリマ－25,5961
非ポリマー952
水724
1
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,76512
ポリマ－102,3854
非ポリマー3808
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area11270 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area32950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.910, 87.230, 63.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: A001 WEAK DENSITY, INTERPRETATION UNCERTAIN / 2: E008 MN2+ LIGAND; OE1 CLOSE TO D28 OD1 / 3: D010 MN2+ AND CA2+ LIGAND
4: T011 OG JOINED TO E102 OE2 & D208 O -PROB BIFURCATED H-BOND
5: Y012 SIDE CHAIN IS NEAR ANOTHER MOLECULE / 6: N014 CA2+ LIGAND / 7: D016 OD1 WEAK / 8: I017 CG2 WEAK / 9: G018 EXTRA DENSITY AT CA; O - MN2+ SOLVENT BRIDGE / 10: D019 MN2+ AND CA2+ LIGAND; O CLOSE TO P20 O / 11: P020 CG, CD WEAK; O CLOSE TO D19 O / 12: Y022 OH WEAK / 13: P023 CARBONYL WEAK / 14: H024 MN2+ LIGAND; SIDE CHAIN STRONG / 15: I025 CD1 WEAK / 16: D028 CLOSE TO E8 OE1 / 17: K030 SIDE CHAIN DISORDERED BEYOND CD / 18: V032 SIDE CHAIN IS MISSHAPEN; W1 IS MN2+ LIGAND / 19: R033 CB, CG WEAK
20: S034 STRONG DENSITY HARD TO INTERPRET; W2 IS MN2+ LIGAND
21: K039 SIDE CHAIN DISORDERED BEYOND CB / 22: W040 CB WEAK / 23: N041 SIDE CHAIN DISORDERED / 24: M042 CA WEAK / 25: D044 CARBONYL WEAK / 26: K046 SIDE CHAIN DISORDERED BEYOND CD / 27: S056 CARBONYL WEAK / 28: D058 DENSITY VERY STRONG; TETRAMER SALT BRIDGE
29: R060 DENSITY CONFUSING AT GUANIDINIUM; TETRAMER SALT BRIDGE
30: P068 ALMOST SPHERICAL / 31: N069 DENSITY SOMEWHAT SPREAD OUT / 32: A072 DENSITY DISTORTED AT CB / 33: T073 NO DENSITY FOR SIDE CHAIN / 34: S076 CARBONYL WEAK / 35: D080 SIDE CHAIN CONFUSING / 36: N082 SIDE CHAIN WEAK / 37: L085 SIDE CHAIN CONFUSING / 38: P086 CG AND CD WEAK / 39: E087 CG WEAK / 40: V089 SIDE CHAIN DISORDERED / 41: A095 PROBABLY IS CLOSER TO G171
42: G098 STRONG BRIDGE G98 N - Y100 O MAKES INTERP DIFFICULT
43: L099 SIDE CHAIN DENSITY ALMOST ABSENT / 44: T105 SIDE CHAIN DISORDERED / 45: S108 OG POSITION UNCLEAR / 46: K114 CD WEAK; TETRAMER SLAT LINK / 47: K116 C, CD WEAK; TETRAMER SLAT LINK / 48: S117 SIDE CHAIN WEAK / 49: S119 DENSITY CONFUSING; INTERPRETATION UNCERTAIN / 50: T120 DENSITY CONFUSING; INTERPRETATION UNCERTAIN / 51: H121 SIDE CHAIN AND CARBONYL WEAK / 52: Q122 N, CB WEAK; LOCAL DISORDER AT 2-FOLD PARALLEL TO X / 53: T123 SIDE CHAIN CONFUSING / 54: H127 LARGE DENSITY AT SITE OF NEARBY METAL SUBSTITUENTS / 55: M129 SIDE CHAIN DENSITY JOINS H127; SEE H127 / 56: Q132 CB WEAK / 57: K135 CARBONYL CONFUSING / 58: D136 SIDE CHAIN DISORDERED / 59: Q137 CONFORMATION PECULIAR; INTERPRETATION UNCERTAIN / 60: A146 CB WEAK / 61: T147 SIDE CHAIN DENSITY CONFUSING / 62: T148 LARGE DENSITY AT CARBONYL; PROBABLE DISORDER / 63: T150 SIDE CHAIN DENSITY NOT IDENTIFIABLE / 64: D151 N WEAK / 65: L154 N WEAK / 66: V159 CG1, CG2 WEAK / 67: S160 SIDE CHAIN CONFUSING; AMIDE H-BOND BIFURCATED / 68: S161 DENSITY CONFUSING / 69: N162 DENSITY CONFUSING; INTERPRETATION UNCERTAIN / 70: E166 SIDE CHAIN DENSITY AT CARBOXYL ONLY / 71: S168 ORIENTATION OF OG UNCLEAR / 72: S169 OG H-BOND BIFURCATED / 73: Y176 CE2 WEAK; CARBONYL STRONG / 74: A177 CARBONYL WEAK; APPEARS OUT OF PLANE OF P178 / 75: H180 O WEAK / 76: I181 CG2 HAS NO DENSITY / 77: S184 SIDE CHAIN DISORDERED; NEAR ANOTHER MOLECULE / 78: S185 SIDE CHAIN CONFUSING / 79: T187 DENSITY CONFUSING - LARGE SIDE CHAIN PRESENT / 80: S189 OG WEAK / 81: E192 TETRAMER SALT LINKS
82: T194 SIDE CHAIN DISORDERED; JOINS H51; AMIDE H-BOND BIFURC?
83: A196 SIDE CHAIN DISORDERED / 84: L198 SIDE CHAIN SLIGHTLY DISORDERED / 85: K200 DISORDERED BEYOND CD / 86: S201 AMIDE H-BOND IS BIFURCATED / 87: A207 POSSIBLE CIS-PEPTIDE / 88: N216 ORIENTATION OF CARBOXAMIDO GROUP UNCERTAIN / 89: S220 PEPTIDE CONFUSING; AMIDE H-BOND BIFURCATED / 90: I221 SIDE CHAIN WEAK / 91: S223 SIDE CHAIN DISORDERED / 92: G224 CARBONYL WEAK / 93: S225 OG DISORDERED / 94: R228 CARBONYL WEAK; GUANIDINIUM GROUP CONFUSING / 95: L230 SIDE CHAIN VERY WEAK BEYOND CB / 96: L232 SIDE CHAIN CONFUSING / 97: F233 CZ WEAK
98: D235 - N237 APPEAR TO EXIST IN 2 CONFORMATIONS- NEITHER FIT IS VERY GOOD; SIDE CHAIN OBSCURE

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要素

#1: タンパク質 CONCANAVALIN A


分子量: 25596.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
参照: UniProt: P02866
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ALL SEQUENCES OF 4 RESIDUES FOR WHICH THE DISTANCE CA(I)-CA (I+3) IS LESS THAN 7 ANGSTROMS ARE ...ALL SEQUENCES OF 4 RESIDUES FOR WHICH THE DISTANCE CA(I)-CA (I+3) IS LESS THAN 7 ANGSTROMS ARE LISTED BELOW IN THE TURN RECORDS. THOSE TURNS WHICH PROBABLY CONTAIN THE HYDROGEN BOND N(I+3)...O(I) ARE DESIGNATED AS TYPE I OR TYPE II *BETA-BENDS* IN THE LISTING BELOW.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: unknown / 詳細: referred to J.Biol.Chem. 250.1513-1524 1975
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.10 M11Na2SO4
20.01 Msodium maleate11

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解析

精密化最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1807 0 2 4 1813
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 10221 / Rfactor obs: 0.411
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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