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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ckb | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE 2C/KB/DEV8 COMPLEX | ||||||
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![]() | MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / T CELL ANTIGEN RECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cytochrome-c oxidase activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / Respiratory electron transport / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respiratory chain complex IV / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling ...positive regulation of cytochrome-c oxidase activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / Respiratory electron transport / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial respiratory chain complex IV / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / : / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / mitochondrial inner membrane / learning or memory / defense response to bacterium / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garcia, K.C. / Degano, M. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of plasticity in T cell receptor recognition of a self peptide-MHC antigen. 著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Pease, L.R. / Huang, M. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: An Alphabeta T Cell Receptor Structure at 2.5 A and its Orientation in the Tcr-Mhc Complex 著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Stanfield, R.L. / Brunmark, A. / Jackson, M.R. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 265.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 585.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
-ALPHA, BETA T CELL ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 22298.889 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VB8.2DB2JB2.4CB2\;VA3JA58CA / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: EMBL: X01134, UniProt: P01738*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 26284.180 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VB8.2DB2JB2.4CB2\;VA3JA58CA / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 1791255 |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 HILM
#3: タンパク質 | 分子量: 31648.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ANTIGEN PRESENTING MOLECULE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P01901 #5: タンパク質 | 分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P01887 |
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-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 8分子 PQ![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1064.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PEPTIDE DERIVED FROM A MITOCHONDRIAL PROTEIN / 参照: UniProt: Q62425*PLUS #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2 M TRIS ACETATE PH 7.2 0.1 M SODIUM CHLORIDE 12 % PEG 4000 AND TRANSFERRED IN ETHYLENE GLYCOL CONTAINING PRECIPITANT SOLUTION, FROM 4% TO 22%, BEFORE DATA COLLECTION. | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25 Å / Num. obs: 314268 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 70.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 37960 / Num. measured all: 314268 / Rmerge(I) obs: 0.088 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 1TCR, 1VAC 解像度: 3→25 Å / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.2 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.38 |