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万見
- PDB-2ckb: STRUCTURE OF THE 2C/KB/DEV8 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ckb
タイトルSTRUCTURE OF THE 2C/KB/DEV8 COMPLEX
要素
  • (ALPHA, BETA T CELL ...) x 2
  • BETA-2 MICROGLOBULIN
  • DEV8 PEPTIDE
  • MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULE K(B)
キーワードMAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / T CELL ANTIGEN RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / respiratory chain complex I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / adaptive immune response / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / mitochondrial inner membrane / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type ...NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Garcia, K.C. / Degano, M. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Structural basis of plasticity in T cell receptor recognition of a self peptide-MHC antigen.
著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Pease, L.R. / Huang, M. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: An Alphabeta T Cell Receptor Structure at 2.5 A and its Orientation in the Tcr-Mhc Complex
著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Stanfield, R.L. / Brunmark, A. / Jackson, M.R. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
履歴
登録1998年1月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
B: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
H: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULE K(B)
P: DEV8 PEPTIDE
L: BETA-2 MICROGLOBULIN
C: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
D: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
I: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULE K(B)
Q: DEV8 PEPTIDE
M: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,00010
ポリマ－186,00010
非ポリマー00
水1086
1
A: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
B: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
H: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULE K(B)
P: DEV8 PEPTIDE
L: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0005
ポリマ－93,0005
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
D: ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR
I: MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULE K(B)
Q: DEV8 PEPTIDE
M: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0005
ポリマ－93,0005
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)295.660, 89.960, 84.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.961149, 0.275631, -0.014864), (-0.275712, 0.961233, -0.003698), (0.013268, 0.007653, 0.999883)-202.06081, 47.5935, -48.5005
2given(0.963537, 0.266972, -0.017951), (-0.267279, 0.963457, -0.017688), (0.012572, 0.021841, 0.999682)-201.83701, 46.7915, -49.1706
3given(0.959949, 0.279146, -0.023998), (-0.279589, 0.959959, -0.017589), (0.018127, 0.023594, 0.999557)-201.18221, 50.1028, -50.9724
4given(0.966869, 0.253587, -0.029307), (-0.254435, 0.96662, -0.030144), (0.020684, 0.036602, 0.999116)-200.733, 44.0797, -52.3646
5given(0.947092, 0.320962, -0.000891), (-0.320963, 0.947085, -0.003616), (-0.000316, 0.003711, 0.999993)-202.0744, 61.4576, -44.2977
6given(0.948063, 0.318082, -0.000309), (-0.31807, 0.948034, 0.007925), (0.002813, -0.007415, 0.999969)-202.2825, 60.2545, -44.4623

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要素

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ALPHA, BETA T CELL ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR / T CELL ANTIGEN RECEPTOR


分子量: 22298.889 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VB8.2DB2JB2.4CB2\;VA3JA58CA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: T-LYMPHOCYTES / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: EMBL: X01134, UniProt: P01738*PLUS
#2: タンパク質 ALPHA, BETA T CELL RECEPTOR / T CELL ANTIGEN RECEPTOR


分子量: 26284.180 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VB8.2DB2JB2.4CB2\;VA3JA58CA / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: T-LYMPHOCYTES / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: 1791255

-
タンパク質 , 2種, 4分子 HILM

#3: タンパク質 MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I MOLECULE K(B) / MHC CLASS I


分子量: 31648.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ANTIGEN PRESENTING MOLECULE / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: NUCLEATED CELLS / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01901
#5: タンパク質 BETA-2 MICROGLOBULIN / BETA2M / B2M


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: NUCLEATED CELLS / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 8分子 PQ

#4: タンパク質・ペプチド DEV8 PEPTIDE / DEV8


分子量: 1064.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PEPTIDE DERIVED FROM A MITOCHONDRIAL PROTEIN / 参照: UniProt: Q62425*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.2
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2 M TRIS ACETATE PH 7.2 0.1 M SODIUM CHLORIDE 12 % PEG 4000 AND TRANSFERRED IN ETHYLENE GLYCOL CONTAINING PRECIPITANT SOLUTION, FROM 4% TO 22%, BEFORE DATA COLLECTION.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mphosphate1reservoir
21.0 %methylpentanediol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 314268 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3→3.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 70.1
反射
*PLUS
Num. obs: 37960 / Num. measured all: 314268 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1TCR, 1VAC

1tcr

1vac


解像度: 3→25 Å / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 1435 4 %SPHERES
Rwork0.221 ---
obs0.221 34092 78.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.6 Å20 Å20 Å2
2---11 Å20 Å2
3---14.9 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13104 0 0 6 13110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it9.941.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it14.72
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it15.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it20.62.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight Biso Weight position
11RESTRAINED8.530.042300
2214.20.064150
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 143 -
Rwork0.322 3499 -
obs--67.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.78
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.38

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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