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- PDB-2cfh: Structure of the Bet3-TPC6B core of TRAPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cfh
タイトルStructure of the Bet3-TPC6B core of TRAPP
要素
  • TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
  • TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B
キーワードTRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT / TRAPP COMPLEX / BET3 / TPC6 / VESICLE TETHERING / ER-GOLGI TRANSPORT / ENDOPLASMIC RETICULUM
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle coating / vesicle tethering / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / cis-Golgi network membrane / COPII vesicle coating / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cis-Golgi network / intra-Golgi vesicle-mediated transport ...vesicle coating / vesicle tethering / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / cis-Golgi network membrane / COPII vesicle coating / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cis-Golgi network / intra-Golgi vesicle-mediated transport / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / trans-Golgi network / nervous system development / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trafficking protein particle complex subunit 3 / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit 6B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kummel, D. / Muller, J.J. / Roske, Y. / Henke, N. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Bet3-Tpc6B Core of Trapp: Two Tpc6 Paralogs Form Trimeric Complexes with Bet3 and Mum2.
著者: Kummel, D. / Muller, J.J. / Roske, Y. / Henke, N. / Heinemann, U.
履歴
登録2006年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
B: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
C: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B
D: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3606
ポリマ－79,8474
非ポリマー5132
水1,02757
1
A: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
C: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1803
ポリマ－39,9242
非ポリマー2561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-19.66 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
2
B: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
D: TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1803
ポリマ－39,9242
非ポリマー2561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-19.67 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.450, 69.590, 144.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERILEILEAA15 - 16829 - 182
211SERSERILEILEBB15 - 16829 - 182
121ARGARGLEULEUAA170 - 175184 - 189
221ARGARGLEULEUBB170 - 175184 - 189
112ALAALAGLNGLNCC2 - 1562 - 156
212ALAALAGLNGLNDD2 - 1562 - 156

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 / BET3 HOMOLOG


分子量: 21900.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O43617
#2: タンパク質 TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6B / TPC6B


分子量: 18022.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86SZ2
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化詳細: 18-20% PEG 3500,0.2 M LI CITRATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9537
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 29365 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.76
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2BJN, 1SZ7

2bjn

1sz7


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 23.895 / SU ML: 0.263 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1513 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 28749 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å20 Å23.19 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3----2.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4958 0 34 57 5049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9696812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4113.00310843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7745617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90124.545242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.70315929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2351532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.25048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.23149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2180.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4451.53964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60224960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16332264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6724.51852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2496tight positional0.040.05
12B2496tight positional0.040.05
21C2302tight positional0.030.05
22D2302tight positional0.030.05
11A2496tight thermal0.080.5
12B2496tight thermal0.080.5
21C2302tight thermal0.090.5
22D2302tight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.387 110
Rwork0.315 2095
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.9912-13.2955-14.647922.925511.161225.8059-0.367-1.03391.48980.25610.7787-2.22630.37182.9593-0.41160.0106-0.0586-0.02650.0136-0.0845-0.050316.27673.341912.8462
210.7137-1.7663-1.70112.00862.054814.0519-0.18050.51450.1158-0.31520.05851.49660.1001-1.15440.122-0.233-0.069-0.0154-0.16430.0105-0.0716-0.64054.983713.4884
317.6414-3.21089.66056.8306-4.36911.82740.3392-0.5018-1.1179-0.06870.0991-0.29951.06220.3833-0.4383-0.07390.0024-0.0377-0.0643-0.024-0.096610.9476-5.383626.7278
47.1097-4.6295-2.337510.37991.51618.5842-0.54-1.6091-0.74061.41160.6758-0.49661.70470.3986-0.13580.41930.0563-0.14050.51640.09940.207415.56560.339139.4177
513.00930.0315-3.993930.53935.074624.15531.1657-0.326-0.10431.9074-0.3985-1.97710.55510.4185-0.7671-0.0612-0.0296-0.21050.09950.0803-0.047119.00354.357634.8502
60.3111.14430.85047.4775-1.26248.22660.139-0.25310.130.5089-0.0973-0.2914-0.52790.4521-0.0417-0.1524-0.1248-0.13090.0623-0.0469-0.08714.710510.588532.2023
76.22661.8332-0.61416.1187-2.97366.63210.07540.78350.9031-0.44470.32530.5731-1.0640.0619-0.40080.0803-0.06620.019-0.05060.0208-0.07825.376514.272814.4382
82.22640.1993-1.45995.7160.55293.9770.4146-0.13010.01190.9503-0.02740.3363-0.49520.0171-0.3872-0.0253-0.0954-0.0068-0.086-0.0088-0.10877.27587.635429.436
918.0514-3.56994.200834.9434-7.290914.1893-0.1635-1.0679-1.73890.8480.34990.7981.012-0.1031-0.18640.2281-0.09470.16550.1699-0.0427-0.08521.0014-3.148641.8079
104.48135.5235-0.24927.8113-3.537710.41660.2590.36020.76090.00460.34571.1869-0.2771-2.1323-0.6046-0.07370.13530.00070.03360.1606-0.0371-18.52466.146159.5528
113.83390.2667-3.702112.7091-0.343410.83440.1913-0.29650.10760.65310.1581-1.5292-0.10610.8708-0.3494-0.28740.0692-0.0627-0.18890.0005-0.0449-1.72497.945757.6705
1220.84044.15475.62956.50112.128212.37710.45750.3961-0.59570.2621-0.16320.57061.4765-0.9034-0.2943-0.1914-0.0304-0.0784-0.1128-0.0228-0.0711-14.1162-2.873745.53
137.92190.0111-6.777313.15495.519111.0297-0.25111.869-0.8251-1.6643-0.50250.69481.7632-1.22470.75370.28970.0748-0.14510.57840.0180.2917-19.81972.223333.0642
1429.1848-2.165-11.52666.045-10.873727.9302-0.19051.51691.0948-0.7550.98020.59280.1121-2.2342-0.78970.31290.1084-0.15720.3272-0.15110.1213-22.54516.786937.4846
151.0482-0.30881.95797.53492.22084.70830.15360.14810.0386-0.8448-0.26060.7024-0.8071-0.7850.1070.0580.3031-0.10830.17280.11530.0081-18.531812.921739.6493
164.9132-5.12980.8367.11792.05358.8776-0.1156-0.71010.65610.66330.3348-0.3931-0.72880.1937-0.2192-0.01730.09030.0696-0.1035-0.0003-0.0126-8.353816.927456.6011
171.8054-1.8432-2.8557.18482.53675.56620.43070.32180.1183-1.05750.0575-0.2931-0.781-0.5487-0.4882-0.06430.1192-0.0058-0.07870.0774-0.1155-10.825310.124142.2591
1815.50572.545913.28347.8343-5.008312.4691.02851.1567-1.5371-3.0773-1.1185-1.84961.2122-0.59720.090.29950.01630.310.18960.00160.0213-5.4013-0.68229.6575
1911.048712.7620.705831.6448-9.9676.92270.2571-0.54730.0071.0021-0.5002-1.34910.50080.92640.243-0.02270.0964-0.06930.0597-0.0586-0.107716.5388-3.442218.0574
208.28561.35162.68162.54440.92633.43890.32-0.3594-0.52230.1245-0.08470.06670.5149-0.2545-0.2353-0.0689-0.0501-0.0075-0.2175-0.0025-0.170.9714-8.95818.2547
2110.6443-0.0529-3.31889.69781.34849.66220.27970.55881.0213-0.6256-0.0896-1.4553-0.47671.2447-0.1901-0.13650.01360.0548-0.00240.01880.077821.13412.8455-2.2437
224.8839-4.5350.635910.2376-4.854432.0064-0.15760.09130.4974-0.238-0.5116-1.42780.07061.03910.6692-0.2015-0.0027-0.02080.0196-0.11870.19524.9407-4.2021.4656
231.4023-1.0443-0.298111.10225.468522.17140.6361-0.31530.26620.89660.6657-1.75891.18462.1118-1.3018-0.09530.1425-0.02320.1032-0.09260.162525.0816-12.09330.2827
241.4784-2.21180.11176.3598-8.707523.91650.6483-0.87461.1238-1.21580.6756-0.39061.48140.9104-1.3240.16960.1880.0763-0.0105-0.1017-0.10919.9233-12.722-12.0389
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268.11873.0618-2.215711.1107-0.72323.71130.30.36710.4495-0.73220.2534-0.1137-0.90280.2906-0.5535-0.2190.05460.0323-0.21880.0038-0.126215.3175-1.5738-5.059
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2918.7088-7.263913.19319.2649-1.722112.84750.55020.27160.08620.2701-0.14410.77860.0269-1.9862-0.4061-0.05070.043-0.04440.10880.0919-0.1446-18.8301-0.607254.1912
306.2539-1.55412.57571.5716-0.8296.06860.37370.4169-0.5123-0.3647-0.0375-0.28590.71760.2481-0.3362-0.16130.0292-0.0434-0.2447-0.0297-0.1295-3.0363-5.975163.7035
315.94661.6636-1.7116.2829-4.27529.90650.3954-0.44831.05760.72350.14711.0088-0.97-1.6565-0.5426-0.12490.0140.08110.0625-0.04340.0985-23.46995.919674.6374
327.1595-3.4028-6.494424.03147.131249.2488-0.09040.12571.0926-0.91670.0731.6092-0.916-1.1260.0173-0.49990.0007-0.16560.00930.11640.1656-26.8848-1.26770.9261
332.32810.9988-0.11693.27062.226212.370.62560.70520.1617-0.0397-0.04711.12860.8848-0.7279-0.5785-0.0776-0.13570.00690.07720.05380.0282-26.9775-9.157872.1415
340.6733-0.0183.26280.3414-1.466621.3926-0.2688-0.0227-0.05961.09250.75910.98371.4732-0.2979-0.49030.0477-0.25580.0733-0.0826-0.0486-0.0753-21.5824-9.73184.3469
3513.97087.0354-3.784810.1964-4.45658.0839-0.7331.6101-1.4846-1.37820.4068-0.21341.7533-0.51730.32620.0537-0.0766-0.0285-0.0657-0.0767-0.0405-16.1847-11.350962.9573
3610.7254-2.257-5.169113.95860.80065.28850.7558-0.41710.68920.6166-0.13890.1425-0.9056-0.0499-0.6169-0.2173-0.05910.0011-0.2624-0.0071-0.1708-17.14841.421577.251
3710.40965.23284.45158.17616.23528.02280.09830.1589-1.384-0.84040.1946-0.32750.4707-0.3327-0.2929-0.0362-0.1286-0.0586-0.17150.0295-0.0409-17.5866-14.47769.7481
3825.8795-3.5235-17.828156.672240.212346.2273-0.7062-1.82360.85933.29051.2471-0.76831.76081.6105-0.5410.0119-0.1001-0.0225-0.0842-0.0037-0.1734-16.0858-4.77383.7617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3A45 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4A63 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5A76 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6A83 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7A112 - 129
8X-RAY DIFFRACTION8A130 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9A166 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10B15 - 23
11X-RAY DIFFRACTION11B24 - 44
12X-RAY DIFFRACTION12B45 - 62
13X-RAY DIFFRACTION13B63 - 74
14X-RAY DIFFRACTION14B75 - 82
15X-RAY DIFFRACTION15B83 - 110
16X-RAY DIFFRACTION16B111 - 129
17X-RAY DIFFRACTION17B130 - 165
18X-RAY DIFFRACTION18B166 - 175
19X-RAY DIFFRACTION19C2 - 10
20X-RAY DIFFRACTION20C11 - 37
21X-RAY DIFFRACTION21C38 - 65
22X-RAY DIFFRACTION22C66 - 76
23X-RAY DIFFRACTION23C77 - 87
24X-RAY DIFFRACTION24C88 - 93
25X-RAY DIFFRACTION25C94 - 124
26X-RAY DIFFRACTION26C125 - 138
27X-RAY DIFFRACTION27C139 - 151
28X-RAY DIFFRACTION28C152 - 157
29X-RAY DIFFRACTION29D2 - 10
30X-RAY DIFFRACTION30D11 - 37
31X-RAY DIFFRACTION31D39 - 65
32X-RAY DIFFRACTION32D66 - 76
33X-RAY DIFFRACTION33D77 - 87
34X-RAY DIFFRACTION34D88 - 93
35X-RAY DIFFRACTION35D94 - 124
36X-RAY DIFFRACTION36D125 - 138
37X-RAY DIFFRACTION37D139 - 151
38X-RAY DIFFRACTION38D152 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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