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- PDB-6m5z: Catalytic domain of GH30 xylanase C from Talaromyces cellulolyticus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5z
タイトルCatalytic domain of GH30 xylanase C from Talaromyces cellulolyticus
要素GH30 Xylanase C
キーワードHYDROLASE / Xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / cellulose binding / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / alpha-D-mannopyranose / Endoxylanase Xyn30C
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces cellulolyticus CF-2612 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Inoue, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of GH30-7 endoxylanase C from the filamentous fungus Talaromyces cellulolyticus.
著者: Nakamichi, Y. / Fujii, T. / Watanabe, M. / Matsushika, A. / Inoue, H.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH30 Xylanase C
B: GH30 Xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6979
ポリマ－95,9092
非ポリマー7887
水11,566642
1
A: GH30 Xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3194
ポリマ－47,9551
非ポリマー3643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
2
B: GH30 Xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3785
ポリマ－47,9551
非ポリマー4234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.559, 52.305, 98.535
Angle α, β, γ (deg.)79.74, 88.60, 84.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 GH30 Xylanase C


分子量: 47954.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank code GAM40414
由来: (組換発現) Talaromyces cellulolyticus CF-2612 (菌類)
発現宿主: Talaromyces cellulolyticus (菌類) / 株 (発現宿主): YP-4 / 参照: UniProt: A0A6N4SL16*PLUS
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細Author states the sequence matches GenBank GAM40414

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 14% PEG 8000, 100 mM MES, 200 mM calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 87809 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8491 / CC1/2: 0.703 / Rpim(I) all: 0.395 / Rrim(I) all: 0.748 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDS0.82data processing
XDS0.82データスケーリング
MOLREP位相決定
XDS0.82データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IUJ

6iuj


解像度: 1.65→49.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.007 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1811 4392 5 %RANDOM
Rwork0.1485 ---
obs-83430 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.238 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20.11 Å2-0.58 Å2
2--0.24 Å20.55 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6462 0 50 642 7154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136822
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0185843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.6379373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5551.56413574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.2225.196917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36423.426289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.04815911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7311520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2661.5423553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2521.543551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8142.3084468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8192.3094469
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9641.6713269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9641.6723270
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8812.4514906
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.74818.6587936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.65718.3547809
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.691 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 296 -
Rwork0.269 5620 -
obs--87.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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