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万見
- PDB-3sa0: Complex of ERK2 with norathyriol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sa0
タイトルComplex of ERK2 with norathyriol
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / norathyriol complex / signal-regulated kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / response to exogenous dsRNA / face development / MAPK1 (ERK2) activation / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Recycling pathway of L1 / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / androgen receptor signaling pathway / JUN kinase activity / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / peptidyl-threonine phosphorylation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / negative regulation of cell differentiation / MAP kinase activity / regulation of ossification / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / Signal attenuation / phosphatase binding / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / progesterone receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / phosphotyrosine residue binding / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / cellular response to amino acid starvation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / ESR-mediated signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / thymus development / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / response to nicotine / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Oncogene Induced Senescence / regulation of protein stability / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / long-term synaptic potentiation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
norathyriol / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5947 Å
データ登録者Kurinov, I. / Malakhova, M.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2012
タイトル: Norathyriol Suppresses Skin Cancers Induced by Solar Ultraviolet Radiation by Targeting ERK Kinases.
著者: Li, J. / Malakhova, M. / Mottamal, M. / Reddy, K. / Kurinov, I. / Carper, A. / Langfald, A. / Oi, N. / Kim, M.O. / Zhu, F. / Sosa, C.P. / Zhou, K. / Bode, A.M. / Dong, Z.
履歴
登録2011年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0293
ポリマ－41,6731
非ポリマー3562
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.687, 69.411, 59.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41673.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERK2, MAPK1, PRKM1, PRKM2 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-NRA / norathyriol / 1,3,6,7-tetrahydroxy-9H-xanthen-9-one / ノラチリオ-ル


分子量: 260.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8O6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Precipitant: 1.1 M - 1.3 M ammonium sulfate, 2% PEG 500 MME, 0.1 M Hepes, pH 7.5. The protein was in 80-120 mM Nacl, Tris 15 mM, pH 8.0, 10-20 mM b-ME Protein was mixed with precipitant at 1: ...詳細: Precipitant: 1.1 M - 1.3 M ammonium sulfate, 2% PEG 500 MME, 0.1 M Hepes, pH 7.5. The protein was in 80-120 mM Nacl, Tris 15 mM, pH 8.0, 10-20 mM b-ME Protein was mixed with precipitant at 1:1 ratio, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E10.9795
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日 / 詳細: HF and VF mirrors
放射モノクロメーター: double-crystals monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5947→30 Å / Num. all: 49935 / Num. obs: 49914 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.5947→1.66 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TVO

1tvo


解像度: 1.5947→29.568 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 1997 4 %5%
Rwork0.1642 ---
obs0.1656 49907 99.56 %-
all-49914 --
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.785 Å2 / ksol: 0.439 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6563 Å20 Å2-0.2172 Å2
2--2.2609 Å20 Å2
3---1.3953 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5947→29.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 24 296 3222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4594114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3111149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5947-1.63460.28111410.2223254X-RAY DIFFRACTION95
1.6346-1.67880.28071320.21193443X-RAY DIFFRACTION100
1.6788-1.72820.24551410.19693425X-RAY DIFFRACTION100
1.7282-1.7840.20771470.17783371X-RAY DIFFRACTION100
1.784-1.84770.19851460.16113442X-RAY DIFFRACTION100
1.8477-1.92170.17831350.15333445X-RAY DIFFRACTION100
1.9217-2.00910.19861490.14863397X-RAY DIFFRACTION100
2.0091-2.1150.18471540.15253432X-RAY DIFFRACTION100
2.115-2.24750.18531310.14943425X-RAY DIFFRACTION100
2.2475-2.42090.18181440.15223453X-RAY DIFFRACTION100
2.4209-2.66440.19861520.15343418X-RAY DIFFRACTION100
2.6644-3.04960.18711410.16533473X-RAY DIFFRACTION100
3.0496-3.84090.19131390.16313456X-RAY DIFFRACTION100
3.8409-29.5730.21331450.17133476X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5722-0.4804-0.33160.4521-0.35312.62840.03920.11270.5350.09760.15790.0366-0.6393-0.5935-0.04540.30780.063-0.00040.36820.07530.2032-13.801612.474831.7206
22.11440.82660.30240.7960.08621.03960.03560.03070.1649-0.0109-0.0073-0.0158-0.0170.0388-0.02880.11030.02940.01380.07980.00620.13020.01356.703155.8008
31.9812-0.74822.24631.2564-0.94724.62290.31930.5351-0.4496-0.18410.0594-0.35110.25120.4101-0.33980.32990.0356-0.00940.3453-0.00620.193-5.39425.407721.9543
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:109)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 110:336 )
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 337:360)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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