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- PDB-4rwr: 2.1 Angstrom Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rwr | ||||||
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Title | 2.1 Angstrom Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D from Bacillus anthracis | ||||||
![]() | Stage II sporulation protein D | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / stage II sporulation protein D / SpoIID / germination | ||||||
Function / homology | Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB / Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB N-terminal / Sporulation stage II, protein D firmicutes / Stage II sporulation protein / asexual sporulation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Stage II sporulation protein D / Stage II sporulation protein D![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structures of the SpoIID Lytic Transglycosylases Essential for Bacterial Sporulation. Authors: Nocadello, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.S. / Dubrovska, I. / Sabini, E. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 230.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 194 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 37055.449 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 32-339 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: BAS5136, BA_5528, DH23_5378, DJ42_3419, DJ44_3608, DJ45_519, DJ48_4453, DJ49_4581, GBAA_5528, spoIID Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR ...Details: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2014 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 32915 / Num. obs: 32915 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1648 / Rsym value: 0.623 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.201 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.359 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→27.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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