PDB-4rwr: 2.1 Angstrom Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rwr

タイトル

2.1 Angstrom Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D from Bacillus anthracis

要素

Stage II sporulation protein D

キーワード

VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / stage II sporulation protein D / SpoIID / germination

機能・相同性

Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB / Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB N-terminal / Sporulation stage II, protein D firmicutes / Stage II sporulation protein / : / sporulation resulting in formation of a cellular spore / outer membrane-bounded periplasmic space / Stage II sporulation protein D / Stage II sporulation protein D

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of the SpoIID Lytic Transglycosylases Essential for Bacterial Sporulation.
著者: Nocadello, S. / Minasov, G. / Shuvalova, L.S. / Dubrovska, I. / Sabini, E. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2014年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rwr.cif.gz	234.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rwr.ent.gz	189.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rwr_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rwr_full_validation.pdf.gz	432 KB	表示
XML形式データ	4rwr_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	4rwr_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/4rwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i1tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jkw-d 4x34-d 4h0n-1 2cfh-1 4mx3-3 4eeq-d 2k9f-d 1aqc-2 5i9w-d 4w4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp05185

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Stage II sporulation protein D

B: Stage II sporulation protein D

74.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Stage II sporulation protein D

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Stage II sporulation protein D

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.616, 144.477, 47.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Stage II sporulation protein D / Stage II sporulation protein D (SpoIID) 分子量: 37055.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) 遺伝子: BAS5136, BA_5528, DH23_5378, DJ42_3419, DJ44_3608, DJ45_519, DJ48_4453, DJ49_4581, GBAA_5528, spoIID プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q81K14, UniProt: A0A6L7HNW1*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.37 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 6.7 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer, pH 8.3, 2mM N-Acetylglucosamine; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 32915 / Num. obs: 32915 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1648 / R_sym value: 0.623 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→27.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 10.827 / SU ML: 0.149
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24348	1657	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18752	-	-	-
obs	0.19033	31083	99.93 %	-
all	-	31083	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	-2.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4203	0	0	290	4493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.955	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.733	3	9694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.893	5	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.213	25.288	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.85	15	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.66	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.007	2.491	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.004	2.489	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.059	3.713	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.059	3.716	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.683	2.857	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.682	2.859	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.185	4.143	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.869	21.194	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.761	20.937	5266

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	118	-
R_work	0.246	2284	-
obs	-	2284	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4503	2.3797	-0.4091	13.2797	-1.6069	1.3163	-0.029	-0.0111	0.0261	-0.3468	0.0864	0.3012	-0.0616	0.0129	-0.0574	0.0973	-0.0085	-0.0264	0.0697	0.0829	0.1096	-4.1108	29.1533	5.3595
2	2.7981	0.121	1.4607	1.7613	-0.2438	1.5236	0.0326	0.3215	0.1773	-0.1651	0.1163	0.1667	-0.0099	-0.0923	-0.1488	0.0763	-0.0081	0.0276	0.1353	0.0969	0.1075	-3.9798	17.0835	10.5716
3	0.9282	-0.0348	-0.2235	1.5523	0.4765	1.3758	0.0209	0.0097	0.045	0.1217	0.0678	-0.0603	0.0259	0.138	-0.0887	0.0743	-0.0184	-0.0487	0.0616	0.0022	0.0407	12.9185	0.5286	20.6002
4	3.3779	-1.576	-1.2097	1.7774	0.1295	1.9568	-0.0334	-0.0276	0.1306	0.0716	0.1038	-0.1043	0.1806	0.1817	-0.0704	0.1371	-0.016	-0.0718	0.1081	-0.0156	0.0716	12.3109	-0.9765	17.9452
5	2.7031	-0.8075	0.5853	8.2196	-1.1158	4.1523	0.0114	-0.2094	0.4057	0.487	0.3051	0.0676	-0.3914	-0.4923	-0.3164	0.1025	0.0457	0.0825	0.1172	0.0152	0.1333	-6.9971	19.1915	24.3321
6	1.3999	-3.7848	-0.1622	15.5577	0.8036	0.0893	0.0442	-0.0665	-0.0493	0.4106	-0.0219	-0.2211	-0.0138	-0.0551	-0.0223	0.098	0.0251	-0.0347	0.0694	0.037	0.0689	9.2551	-45.0051	20.7348
7	0.3927	-0.8872	0.0344	3.3904	1.5469	2.4389	-0.1218	-0.1078	0.0081	0.2722	0.1361	-0.1389	0.1064	0.1367	-0.0143	0.1432	0.069	0.0309	0.1897	0.0294	0.1645	4.3077	-35.6837	14.2185
8	1.3272	-0.2846	0.1987	2.3466	-0.4486	1.7814	-0.1431	-0.2024	-0.1298	0.2442	0.0741	0.0179	0.112	0.1277	0.0689	0.0533	0.0392	0.0244	0.0568	0.0161	0.0364	1.7994	-30.746	15.0084
9	1.2237	0.3167	-0.2366	2.0999	-0.0393	2.0801	-0.0453	0.1021	0.0049	-0.0149	0.0264	-0.1198	0.0038	0.1664	0.0189	0.0389	-0.0063	-0.027	0.0879	-0.0068	0.0288	8.5843	-12.1493	-3.9317
10	2.2157	0.2544	-0.6381	2.7221	-0.5898	1.7005	-0.1594	-0.3114	-0.2676	0.1719	0.03	0.2703	0.1303	0.0039	0.1294	0.0499	0.019	0.0429	0.0861	0.0283	0.0817	-5.6573	-30.8318	14.2119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	63 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	88 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 246
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	247 - 308
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	309 - 331
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	63 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	89 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	132 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	206 - 288
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	289 - 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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