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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cf7 | ||||||
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タイトル | Asp74Ala mutant crystal structure for Dps-like peroxide resistance protein Dpr from Streptococcus suis. | ||||||
![]() | DPR | ||||||
![]() | PEROXIDE RESISTANCE / DPS-FAMILY / FERRITIN-LIKE / FERROXIDASE / IRON-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kauko, A. / Pulliainen, A.T. / Haataja, S. / Finne, J. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Iron incorporation in Streptococcus suis Dps-like peroxide resistance protein Dpr requires mobility in the ferroxidase center and leads to the formation of a ferrihydrite-like core. 著者: Kauko, A. / Pulliainen, A.T. / Haataja, S. / Meyer-Klaucke, W. / Finne, J. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 343.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 519.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 539.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 89.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 130.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18525.928 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-TERMINUS TRUNCATED AND FIRST SEVEN RESIDUES REMOVED 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EPE / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 74 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 74 TO ALA ...ENGINEERED | 配列の詳細 | UNIPROT ENTRY HAS FULL LENGTH PROTEIN. PROTEIN DESCRIBED IN THIS PDB-ENTRY HAS TRUNCATED N-TERMINUS ...UNIPROT ENTRY HAS FULL LENGTH PROTEIN. PROTEIN DESCRIBED IN THIS PDB-ENTRY HAS TRUNCATED N-TERMINUS WITH FIRST 7 RESIDUES MISSING AND Q8G MUTATION. THIS PROTEIN HAS ALSO D74A MUTATION. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2UL AND 2UL VOLUME DROP, 30 % PEG 400, 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES-NAOH, PH 7.4, HANGING DROP, 16C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月19日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR HORIZONTAL- FOCUSING SI III MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8128 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 308623 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 22.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1UMN 解像度: 1.5→19.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.763 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: ONE ROUND OF REFINEMENT WITH ALL DATA WAS RUN AFTER THE WORKING AND TEST SETS WERE MERGED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.28 Å
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拘束条件 |
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