+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cef | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Phosphorylation of the Cytoplasmic Tail of Tissue Factor and its Role in Modulating Structure and Binding Affinity. | |||||||||
要素 | TISSUE FACTOR | |||||||||
キーワード | BLOOD CLOTTING / COAGULATION PROTEIN / PIN1 / WW DOMAIN / BLOOD COAGULATION PROTEIN / LIPOPROTEIN / PALMITATE / TRANSMEMBRANE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation ...activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production / protein processing / phospholipid binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / DYANA AMBER 8.0 | |||||||||
データ登録者 | Sen, M. / Agrawal, S. / Craft, J.W. / Ruf, W. / Legge, G.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Open Spectrosc.J. / 年: 2009 タイトル: Spectroscopic Characterization of Successive Phosphorylation of the Tissue Factor Cytoplasmic Region. 著者: Sen, M. / Herzik, M. / Craft, J.W. / Creath, A.L. / Agrawal, S. / Ruf, W. / Legge, G.B. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cef.cif.gz | 52.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2cef.ent.gz | 41.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2cef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2cef | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2cehC 2cezC 2cfjC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2223.276 Da / 分子数: 1 / 断片: TISSUE FACTOR CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 277-295 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SER253 AND SER258 ARE PHOSPHORYLATED / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P13726 |
---|---|
配列の詳細 | THIS IS ONLY THE CYTOPLASMI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: THE NMR STRUCTURE OF THE PHOSPHORYLATED PEPTIDE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 2D NMR SPECTROSCOPY METHODS. |
-試料調製
詳細 | 内容: 90% WATER 10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 6 / 温度: 285.0 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: DYANA AMBER 8.0 / ソフトェア番号: 1 詳細: INITIAL NMR STRUCTURES WERE CALCULATED BY DYANA, WHICH INCLUDES MODIFIED SEP RESIDUE, PHOSPHORYLATED SER, (CRAFT AND LEGGE, 2005, J.BIOL MOL). NMR. TOP10 ANNEALLED STRUCTURES THEN FURTHER MINIMIZED VIA AMBER 8.0. | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST POTENTIAL ENERGY ENSEMBLES 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |