+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cbo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the neocarzinostatin 3Tes24 mutant bound to testosterone hemisuccinate. | ||||||
要素 | NEOCARZINOSTATINネオカルジノスタチン | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC (抗生物質) / PHAGE-DISPLAY / HAPTEN BINDING (ハプテン) / NEOCARZINOSTATIN (ネオカルジノスタチン) / ANTIMICROBIAL / DNA-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES CARZINOSTATICUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Drevelle, A. / Graille, M. / Heyd, B. / Sorel, I. / Ulryck, N. / Pecorari, F. / Desmadril, M. / van Tilbeurgh, H. / Minard, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structures of in Vitro Evolved Binding Sites on Neocarzinostatin Scaffold Reveal Unanticipated Evolutionary Pathways. 著者: Drevelle, A. / Graille, M. / Heyd, B. / Sorel, I. / Ulryck, N. / Pecorari, F. / Desmadril, M. / Van Tilbeurgh, H. / Minard, P. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: In Vitro Evolution of the Binding Specificity of Neocarzinostatin, an Enediyne-Binding Chromoprotein. 著者: Heyd, B. / Pecorari, F. / Collinet, B. / Adjadj, E. / Desmadril, M. / Minard, P. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cbo.cif.gz | 40.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2cbo.ent.gz | 26.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cbo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/2cbo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11615.560 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CARZINOSTATICUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P0A3R9 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | HAS ANTIBIOTIC ACTIVITY FOR GRAM-POSITIVE BACTERIA AND ANTITUMOR ACTIVITY FOR CERTAIN MOUSE TUMORS ...HAS ANTIBIOTIC | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
---|---|
結晶化 | 詳細: 1.6-1.7M (NH4)2SO4, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.978 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 10933 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.97 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 91.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NCO 解像度: 1.7→18.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 187070.78 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.2945 Å2 / ksol: 0.388351 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.51 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.041 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|