PDB-2c8j: CRYSTAL STRUCTURE OF ferrochelatase HemH-1 from Bacillus anthraci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c8j

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ferrochelatase HemH-1 from Bacillus anthracis, str. Ames

要素

FERROCHELATASE 1

キーワード

LYASE / FERROCHELATASE / IRON METABOLISM / HEME BIOSYNTHESIS / METAL-BINDING / PORPHYRIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

coproporphyrin ferrochelatase / ferrochelatase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / heme biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Muller, A. / Lebedev, A.A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Ferrochelatase Hemh-1 from Bacillus Anthracis, Str. Ames
著者: Muller, A. / Lebedev, A.A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Levdikov, V.M. / Fogg, M.J. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2005年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c8j.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c8j.ent.gz	103.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c8j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2c8j_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2c8j_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	2c8j_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	2c8j_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/2c8j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ak1S 1c9e 1doz 1fji 1l8x 1n0i S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uyp-d 5aaw-5 4xrh-1 3m4z-d 5to0-d 2h1w-d 3cvq-d 3uze-2 4eqf-d 3cvl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FERROCHELATASE 1

B: FERROCHELATASE 1

70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FERROCHELATASE 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FERROCHELATASE 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.931, 109.927, 59.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FERROCHELATASE 1 / ROTOHEME FERRO-LYASE 1 / HEME SYNTHETASE 1 / HEMH-1 分子量: 35392.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 株: AMES / プラスミド: PET-YSBLIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81U22, protoporphyrin ferrochelatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	INVOLVED IN THE CATALYZES OF THE FERROUS INSERTION INTO PROTOPORPHYRIN IX.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS PH 8.5, 30% PEG 30K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月18日 / 詳細: RH COATED SI MIRROR
放射	モノクロメーター: SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→59.4 Å / Num. obs: 32162 / % possible obs: 81.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AK1

1ak1

解像度: 2.1→59.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 14.878 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.281	1512	4.9 %	RANDOM
R_work	0.234	-	-	-
obs	0.237	29222	95.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	-0.87 Å²
2-	-	3.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4880	0	0	168	5048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.963	6796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.396	5	619
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.421	24.386	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.503	15	819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.92	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.317	1.5	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.548	2	4988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.753	3	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.14	4.5	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_work	0.289	1791
R_free	-	0

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1889	0.1502	-0.2061	2.5962	-0.0055	3.4354	0.0174	-0.2141	0.049	0.0754	-0.026	0.0875	0.0038	0.0438	0.0086	-0.2349	0.008	0.0128	-0.2025	-0.0285	-0.1611	35.2288	1.5114	1.8681
2	2.0791	0.1808	0.3698	2.6053	-0.1955	3.893	0.0969	0.1321	-0.0597	-0.0558	-0.0484	-0.0465	0.1599	0.1958	-0.0485	-0.2	0.0231	0.0197	-0.0638	-0.0341	-0.1678	10.0639	-1.8029	32.9413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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