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万見
- PDB-2c5b: X-ray crystal structure of 5'-fluorodeoxyadenosine synthase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c5b
タイトルX-ray crystal structure of 5'-fluorodeoxyadenosine synthase from Streptomyces cattleya complexed with 2'deoxy-5'deoxy-fluoroadenosine.
要素5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / FLUORINASE / 5'-FLUORODEOXYADENOSINE SYNTHASE / FLA / INHIBITOR / AZA / STREPTOMYCES CATTLEYA / SAM ANALOGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosyl-fluoride synthase / adenosyl-fluoride synthase activity
類似検索 - 分子機能
Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain ...Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-FLUORO-2',5'-DIDEOXYADENOSINE / METHIONINE / Fluorinase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CATTLEYA (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者McEwan, A.R. / Deng, H. / McGlinchey, R.P. / Robinson, D.A. / O'Hagan, D. / Naismith, J.H. / Spencer, J.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Substrate Specificity in Enzymatic Fluorination. The Fluorinase from Streptomyces Cattleya Accepts 2'-Deoxyadenosine Substrates.
著者: Cobb, S.L. / Deng, H. / Mcewan, A.R. / Naismith, J.H. / O'Hagan, D. / Robinson, D.A.
履歴
登録2005年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4129
ポリマ－97,2043
非ポリマー1,2076
水3,531196
1
A: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,82418
ポリマ－194,4096
非ポリマー2,41512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.153, 129.669, 183.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12B
22C
13C
23A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 20 - 270 / Label seq-ID: 20 - 270

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12BB
22CC
13CC
23AA

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 5'-FLUORO-5'-DEOXYADENOSINE SYNTHASE


分子量: 32401.490 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CATTLEYA (バクテリア)
プラスミド: PEHISTEV-FLA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q70GK9, adenosyl-fluoride synthase
#2: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#3: 化合物 ChemComp-5F1 / 5'-FLUORO-2',5'-DIDEOXYADENOSINE / 5′-フルオロ-2′,5′-ジデオキシアデノシン


分子量: 253.233 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12FN5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 4
詳細: 32%PEG 1K, 100MM PHOSPHATECITRATE PH4.2, 200MM LI2SO4, pH 4.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月17日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37.69 Å / Num. obs: 27454 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RQP

1rqp


解像度: 2.5→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 19.697 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1344 4.9 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.193 26074 86.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6660 0 81 196 6937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9729432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2165870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87823.131297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.246151023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3291551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.23476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.24670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0420.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4421.54457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77427017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.19132815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8864.52415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1004medium positional0.180.5
2B1004medium positional0.260.5
3C1004medium positional0.190.5
1A912loose positional0.475
2B912loose positional0.55
3C912loose positional0.485
1A1004medium thermal0.422
2B1004medium thermal0.422
3C1004medium thermal0.452
1A912loose thermal1.1110
2B912loose thermal1.1310
3C912loose thermal1.1410
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 105 -
Rwork0.249 1898 -
obs--87.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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