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- PDB-2c49: Crystal Structure of Methanocaldococcus jannaschii Nucleoside Kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c49
タイトルCrystal Structure of Methanocaldococcus jannaschii Nucleoside Kinase - An Archaeal Member of the Ribokinase Family
要素SUGAR KINASE MJ0406
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOSIDE KINASE / HYPERTHERMOPHILE / RIBOKINASE FAMILY / RIBOKINASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cytidine kinase / nucleoside kinase activity / inosine kinase / inosine kinase activity / guanosine kinase activity / cytidine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Nucleoside kinase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Arnfors, L. / Hansen, T. / Meining, W. / Schoenheit, P. / Ladenstein, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of Methanocaldococcus Jannaschii Nucleoside Kinase: An Archaeal Member of the Ribokinase Family.
著者: Arnfors, L. / Hansen, T. / Schoenheit, P. / Ladenstein, R. / Meining, W.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUGAR KINASE MJ0406
B: SUGAR KINASE MJ0406
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,56910
ポリマ－67,9252
非ポリマー1,6448
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.006, 83.131, 146.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALAAA6 - 156 - 15
21GLUGLUALAALABB6 - 156 - 15
12GLYGLYPROPROAA42 - 9742 - 97
22GLYGLYPROPROBB42 - 9742 - 97
13TRPTRPLEULEUAA115 - 297115 - 297
23TRPTRPLEULEUBB115 - 297115 - 297

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99608, 0.032971, 0.08207), (0.023822, 0.99364, -0.11006), (-0.085177, -0.10767, -0.99053)
ベクター: 130.16, -1.7879, 70.508)

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要素

#1: タンパク質 SUGAR KINASE MJ0406 / NUCLEOSIDE KINASE


分子量: 33962.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
解説: METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII / プラスミド: PET17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57849
#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化詳細: 15% PEG4000, 0.10 M MGCL2, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8098
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8098 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→20 Å / Num. obs: 58526 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 3.803 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2955 5.1 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.245 55509 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4731 0 104 162 4997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.9886777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5385596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7581.52971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26424782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07232011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9894.51988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1924 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.440.5
medium thermal1.152
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.336 193
Rwork0.296 3739
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.454-0.6070.46651.86790.27692.96870.02320.11630.0207-0.0744-0.09540.0044-0.06850.12820.07220.01940.0081-0.00770.01050.01780.065571.350622.858160.61
20.3299-0.0792-0.23423.3372-1.20375.4807-0.03670.23610.3473-0.0043-0.0586-0.3196-0.59420.4290.09520.2009-0.02-0.04270.15180.04350.178371.345730.073939.1974
31.7338-0.16580.31881.8826-0.88492.1245-0.004-0.16070.1099-0.0860.05690.1399-0.0371-0.0957-0.05290.09130.0067-0.00520.0335-0.03520.097858.82823.943812.0094
41.62120.63960.6431.51161.56396.1729-0.09630.15940.32410.0615-0.00250.1671-0.5116-0.48660.09880.24950.0793-0.02340.11680.02180.151659.51830.836638.0425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 15
2X-RAY DIFFRACTION1A41 - 98
3X-RAY DIFFRACTION1A114 - 301
4X-RAY DIFFRACTION2A16 - 40
5X-RAY DIFFRACTION2A99 - 113
6X-RAY DIFFRACTION3B3 - 15
7X-RAY DIFFRACTION3B41 - 98
8X-RAY DIFFRACTION3B114 - 300
9X-RAY DIFFRACTION4B16 - 40
10X-RAY DIFFRACTION4B99 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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