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万見
- PDB-2c1y: Structure of PDI-related Chaperone, Wind mutant-Y55K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c1y
タイトルStructure of PDI-related Chaperone, Wind mutant-Y55K
要素WINDBEUTEL PROTEIN
キーワードCHAPERONE / WIND / WINDBEUTEL / PDI-DBETA / PDI / PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE / PIPE / DORSAL-VENTRAL PATTERNING / WIND MUTANTS / DEVELOPMENTAL PROTEIN / ENDOPLASMIC RETICULUM
機能・相同性
機能・相同性情報


maternal specification of dorsal/ventral axis, oocyte, soma encoded / dorsal/ventral axis specification / protein folding in endoplasmic reticulum / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of multicellular organism growth / protein secretion / endomembrane system / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum protein erp29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal / ERp29, N-terminal / Endoplasmic reticulum resident protein 29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain superfamily / Endoplasmic reticulum protein ERp29, C-terminal domain / ERp29, N-terminal domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Glutaredoxin ...Endoplasmic reticulum protein erp29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal / ERp29, N-terminal / Endoplasmic reticulum resident protein 29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain superfamily / Endoplasmic reticulum protein ERp29, C-terminal domain / ERp29, N-terminal domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein windbeutel
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sevvana, M. / Ma, Q. / Barnewitz, K. / Guo, C. / Soling, H.-D. / Ferrari, D.M. / Sheldrick, G.M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structural Elucidation of the Pdi-Related Chaperone Wind with the Help of Mutants.
著者: Sevvana, M. / Biadene, M. / Ma, Q. / Guo, C. / Soling, H.-D. / Sheldrick, G.M. / Ferrari, D.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure and Functional Analysis of Drosophila Wind, a Protein-Disulfide Isomerase-Related Protein
著者: Ma, Q. / Guo, C. / Barnewitz, K. / Sheldrick, G.M. / Soeling, H.-D. / Uson, I. / Ferrari, D.M. / Sheldrick, G.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Mapping of a Sustrate Binding Site in the Protein Disulfide Isomerase-Related Chaperone Wind Based on Protein Function and Crystal Structure
著者: Barnewitz, K. / Guo, C. / Sevvana, M. / Ma, Q. / Sheldrick, G.M. / Soeling, H.-D. / Ferrari, D.M.
履歴
登録2005年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WINDBEUTEL PROTEIN
B: WINDBEUTEL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0272
ポリマ－57,0272
非ポリマー00
水99155
1
A: WINDBEUTEL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5141
ポリマ－28,5141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: WINDBEUTEL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5141
ポリマ－28,5141
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.421, 119.095, 64.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 WINDBEUTEL PROTEIN / WIND / ERP29 HOMOLOG


分子量: 28513.531 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PQE-30 (QIAGEN) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: O44342
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN DORSOVENTRAL AXIS PATTERNING IN EARLY EMBRYOS. ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 55 TO ...INVOLVED IN DORSOVENTRAL AXIS PATTERNING IN EARLY EMBRYOS. ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 55 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 55 TO LYS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.72 %
結晶化pH: 8.2
詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 8.2-8.8 25 MM MGCL2 10% PEG4000 5% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 22938 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.67 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.83
反射 シェル解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 2.62 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OVN

1ovn


解像度: 2.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 18.033 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1220 5.1 %THIN SHELLS
Rwork0.223 ---
obs0.226 22938 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å22.28 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 0 55 2704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0222696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.731.9613664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.155357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94424.673107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.94815405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.681159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1830.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2580.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.295
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5981.51856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.06822817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4493994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.9494.5847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.32 173
Rwork0.315 1412
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26050.0187-0.10281.0134-0.60530.94660.03220.02330.0841-0.005-0.0588-0.0052-0.04020.01540.0266-0.0539-0.00090.0065-0.1157-0.004-0.04528.9826-16.47769.8301
21.8747-0.26840.22961.66590.29590.331-0.00080.26350.0996-0.14710.0651-0.0429-0.032-0.0255-0.0643-0.0313-0.02560.0128-0.0710.0315-0.0561-3.130614.586614.763
31.5775-0.0308-0.13611.0052-0.92571.232-0.0967-0.0969-0.1019-0.06150.05680.0430.014-0.00810.04-0.06450.00290.0108-0.12060.0011-0.02890.0922-28.842128.4222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2A147 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3B24 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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