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- PDB-3ik5: SIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ik5
タイトルSIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80)
要素
  • Protein Nef
  • T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
キーワードVIRAL PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / protein-protein complex / Cell membrane / Lipoprotein / Membrane / Myristate / Viral immunoevasion / Virulence / Disulfide bond / Host-virus interaction / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN COMPLEX / VIRAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / Nef and signal transduction / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / Nef and signal transduction / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / protein complex oligomerization / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / Co-inhibition by PD-1 / Role of phospholipids in phagocytosis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein tyrosine kinase binding / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / GTP binding / host cell plasma membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM ...Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Protein Nef / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kim, W.M. / Sigalov, A.B. / Stern, L.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Pseudo-merohedral twinning and noncrystallographic symmetry in orthorhombic crystals of SIVmac239 Nef core domain bound to different-length TCRzeta fragments.
著者: Kim, W.M. / Sigalov, A.B. / Stern, L.J.
履歴
登録2009年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Nef
C: Protein Nef
D: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
B: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7324
ポリマ－37,7324
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
2
A: Protein Nef
B: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8662
ポリマ－18,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8080 Å2
手法PISA
3
C: Protein Nef
D: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8662
ポリマ－18,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.417, 47.421, 183.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein Nef


分子量: 16698.676 Da / 分子数: 2 / 断片: core domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
遺伝子: nef / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5QGG3, UniProt: P31818*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / T-cell receptor T3 zeta chain


分子量: 2167.343 Da / 分子数: 2 / 断片: ITAM 1 polypeptide (A63-R80) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: P20963
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.2mM ammonmium fluoride, 0.1mM hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.089 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.089 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.426
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 26719 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.125.20.49825380.907196.5
2.12-2.216.30.46226350.892199.8
2.21-2.3170.34326431.0351100
2.31-2.437.20.28826491.0241100
2.43-2.587.30.21226961.0711100
2.58-2.787.20.14826741.0211100
2.78-3.067.20.10626800.9831100
3.06-3.57.10.08526941.011100
3.5-4.416.80.07127090.962198
4.41-306.40.04928010.959196.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.58 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å27.07 Å
Translation3 Å27.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX2009_02_15_2320_3精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→27.071 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.74 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 1328 5.13 %
Rwork0.17 --
obs0.171 25896 96.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.109 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 121.46 Å2 / Biso mean: 46.124 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.944 Å20 Å2-0 Å2
2--6.254 Å20 Å2
3----13.198 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→27.071 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 0 114 2341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5643121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.413810
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.051-2.1330.2781300.2892380251082
2.133-2.230.2891190.262643276289
2.23-2.3480.2461610.2452664282591
2.348-2.4940.2341410.2452770291193
2.494-2.6870.281510.2332719287094
2.687-2.9570.2191270.222839296695
2.957-3.3830.2121420.1792835297795
3.383-4.2560.1361720.1232801297393
4.256-21.0640.1451570.1222899305692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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