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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bzu | ||||||
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タイトル | Human Adenovirus Serotype 41 Fiber Head | ||||||
![]() | FIBER PROTEIN 2 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / ADENOVIRUS / FIBER / RECEPTOR / AD41 / FIBER PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seiradake, E. / Cusack, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of enteric adenovirus serotype 41 short fiber head. 著者: Seiradake, E. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20148.709 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN, RESIDUES 215-387 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PETDUET / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 水 | ChemComp-HOH / | ||
構成要素の詳細 | RECOGNIZES配列の詳細 | C-TERMINAL FRAGMENT (RESIDUES 215-387) WITH C-TERMINAL HIS- TAG | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 5 詳細: 20% PEG 3350, 0.25 M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE MONOHYDRATE, pH 5.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→37 Å / Num. obs: 342217 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QHV 解像度: 1.5→73.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.747 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→73.32 Å
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拘束条件 |
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