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- PDB-2bzf: Structural basis for DNA bridging by barrier-to-autointegration f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bzf
タイトルStructural basis for DNA bridging by barrier-to-autointegration factor (BAF)
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*CP*CP*AP*CP)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*GP*GP)-3'
  • BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / RETROVIRAL INTEGRATION / NON-SPECIFIC DNA-BINDING / DNA COMPACTION / NUCLEAR ORGANIZATION / LEM FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation ...negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / chromosome organization / condensed chromosome / negative regulation of innate immune response / response to virus / DNA integration / chromatin organization / nuclear envelope / double-stranded DNA binding / response to oxidative stress / chromatin / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Barrier-to-autointegration factor, BAF / Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Barrier-to-autointegration factor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Bradley, C.M. / Ronning, D.R. / Ghirlando, R. / Craigie, R. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis for DNA Bridging by Barrier-to-Autointegration Factor.
著者: Bradley, C.M. / Ronning, D.R. / Ghirlando, R. / Craigie, R. / Dyda, F.
履歴
登録2005年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR
B: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*GP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*CP*AP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3103
ポリマ－14,3103
非ポリマー00
水905
1
A: BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR
B: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*GP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*CP*AP*CP)-3'

A: BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR
B: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*GP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*CP*AP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6216
ポリマ－28,6216
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.830, 45.830, 241.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR


分子量: 10073.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75531
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*GP*GP)-3'


分子量: 2218.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*CP*CP*AP*CP)-3'


分子量: 2018.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESPONSIBLE FOR INHIBITING SELF-DESTRUCTING AUTOINTEGRATION OF RETROVIRAL DNA, THEREBY PROMOTING ...RESPONSIBLE FOR INHIBITING SELF-DESTRUCTING AUTOINTEGRATION OF RETROVIRAL DNA, THEREBY PROMOTING INTEGRATION OF RETROVIRAL DNA INTO THE HOST CHROMOSOME.
配列の詳細MET 1 IS NOT SEEN IN THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.29 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU/MSC RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→50 Å / Num. obs: 6542 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.89 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.87→2.97 Å / 冗長度: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5.05 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CI4

1ci4


解像度: 2.87→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 -5.6 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 6060 97.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数697 281 0 5 983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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