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- PDB-2byp: Crystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byp
タイトルCrystal structure of Aplysia californica AChBP in complex with alpha- conotoxin ImI
要素
  • ALPHA-CONOTOXIN IMI
  • SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / RECEPTOR COMPLEX / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR COMPLEX / CONOTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / synapse / extracellular region ...host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / synapse / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin ImI / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
CONUS IMPERIALIS (ミカドミナシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Hansen, S.B. / Sulzenbacher, G. / Huxford, T. / Marchot, P. / Taylor, P. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structures of Aplysia Achbp Complexes with Nicotinic Agonists and Antagonists Reveal Distinctive Binding Interfaces and Conformations.
著者: Hansen, S.B. / Sulzenbacher, G. / Huxford, T. / Marchot, P. / Taylor, P. / Bourne, Y.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
F: ALPHA-CONOTOXIN IMI
G: ALPHA-CONOTOXIN IMI
H: ALPHA-CONOTOXIN IMI
I: ALPHA-CONOTOXIN IMI
J: ALPHA-CONOTOXIN IMI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,60911
ポリマ－128,38810
非ポリマー2211
水18,7721042
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21320 Å2
ΔGint-109.4 kcal/mol
Surface area45330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.284, 140.036, 153.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2004-

HOH

21E-2043-

HOH

31E-2044-

HOH

41E-2062-

HOH

51E-2120-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN


分子量: 24320.039 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
Cell: SENSORY CELL / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織 (発現宿主): KIDNEY / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: タンパク質・ペプチド
ALPHA-CONOTOXIN IMI


分子量: 1357.609 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CONUS IMPERIALIS (ミカドミナシ) / 参照: UniProt: P50983
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 11-14% PEG-4000, 0.1 M TRIS, PH 7.5, 0.4 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.976
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 86601 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 29.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BYN

2byn


解像度: 2.07→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.782 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1700 2 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.174 83709 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8865 0 14 1042 9921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0229428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9512844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.837319238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.23851103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.124.03469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.305151579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6951570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.27916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.24302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.25258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2310.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0081.57321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19429301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80234491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5884.53543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.12 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 121
Rwork0.231 5925
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04920.2472-0.25622.27710.40461.9019-0.02190.0138-0.00790.3415-0.01830.21140.1032-0.23440.0402-0.1962-0.00710.0064-0.18390.0245-0.253831.925728.695973.0441
20.95180.14520.37891.72390.24331.90970.0217-0.0646-0.0171-0.0618-0.04180.16250.2447-0.18370.0201-0.2325-0.0051-0.0059-0.2523-0.0209-0.2133.998918.150948.1371
30.9377-0.3460.23671.7509-0.11061.11110.06380.0906-0.0141-0.2627-0.04010.12430.0385-0.0261-0.0237-0.21960.00360.0016-0.220.0013-0.259434.090338.23730.0962
41.4195-0.0350.08312.3659-0.03241.94640.03080.05880.1223-0.004-0.05020.2281-0.3241-0.19970.0194-0.1820.00450.0181-0.28210.0173-0.205131.857861.594743.4093
50.7848-0.14450.29581.8369-0.68731.9583-0.0571-0.0656-0.01510.60760.13820.218-0.5881-0.1972-0.0810.04090.05270.086-0.2037-0.0042-0.215630.03755.690670.4029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2B-4 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5E-5 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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