[日本語] English
万見
- PDB-2bu1: MS2-RNA HAIRPIN (5BRU -5) COMPLEX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bu1
タイトルMS2-RNA HAIRPIN (5BRU -5) COMPLEX
要素
  • 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
  • MS2 COAT PROTEIN
キーワードVIRUS/RNA / COMPLEX (CAPSID PROTEIN-RNA HAIRPIN) / HAIRPIN / CAPSID / LEVIVIRUS / CAPSID PROTEIN / RNA-BINDING / STRUCTURAL PROTEIN / ICOSAHEDRAL VIRUS / VIRUS-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Grahn, E. / Moss, T. / Helgstrand, C. / Fridborg, K. / Sundaram, M. / Tars, K. / Lago, H. / Stonehouse, N.J. / Davis, D.R. / Stockley, P.G. / Liljas, L.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2001
タイトル: Structural basis of pyrimidine specificity in the MS2 RNA hairpin-coat-protein complex.
著者: Grahn, E. / Moss, T. / Helgstrand, C. / Fridborg, K. / Sundaram, M. / Tars, K. / Lago, H. / Stonehouse, N.J. / Davis, D.R. / Stockley, P.G. / Liljas, L.
履歴
登録2005年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2005年11月18日ID: 1E6T
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: citation / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MS2 COAT PROTEIN
B: MS2 COAT PROTEIN
C: MS2 COAT PROTEIN
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4985
ポリマ－53,4985
非ポリマー00
水3,693205
1
A: MS2 COAT PROTEIN
B: MS2 COAT PROTEIN
C: MS2 COAT PROTEIN
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,209,910300
ポリマ－3,209,910300
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: MS2 COAT PROTEIN
B: MS2 COAT PROTEIN
C: MS2 COAT PROTEIN
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 267 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,49225
ポリマ－267,49225
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: MS2 COAT PROTEIN
B: MS2 COAT PROTEIN
C: MS2 COAT PROTEIN
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 321 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,99130
ポリマ－320,99130
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: MS2 COAT PROTEIN
B: MS2 COAT PROTEIN
C: MS2 COAT PROTEIN
R: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 535 kDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,98550
ポリマ－534,98550
非ポリマー00
水72140
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)288.000, 288.000, 653.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.809017, 0.110264, -0.57735), (0.467086, 0.475684, 0.745356), (0.356822, -0.872678, 0.333333)
3generate(0.5, 0.645497, -0.57735), (0.866025, -0.372678, 0.333333), (-0.666667, -0.745356)
4generate(0.5, 0.866025), (0.645497, -0.372678, -0.666667), (-0.57735, 0.333333, -0.745356)
5generate(0.809017, 0.467086, 0.356822), (0.110264, 0.475684, -0.872678), (-0.57735, 0.745356, 0.333333)
6generate(0.309017, 0.755761, 0.57735), (0.755761, -0.563661, 0.333333), (0.57735, 0.333333, -0.745356)
7generate(0.809017, -0.110264, 0.57735), (0.467086, -0.475684, -0.745356), (0.356822, 0.872678, -0.333333)
8generate(0.809017, -0.467086, -0.356822), (-0.110264, 0.475684, -0.872678), (0.57735, 0.745356, 0.333333)
9generate(0.309017, 0.178411, -0.934172), (-0.178411, 0.975684, 0.127322), (0.934172, 0.127322, 0.333333)
10generate(0.934172, -0.356822), (0.356822, 0.333333, 0.872678), (0.934172, -0.127322, -0.333333)

-
要素

#1: タンパク質 MS2 COAT PROTEIN


分子量: 13738.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE MS2 (ファージ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *5BU*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3'


分子量: 6141.553 Da / 分子数: 2 / Fragment: COAT PROTEIN-BINDING HAIRPIN, RESIDUES 2-18 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACTERIOPHAGE MS2 (ファージ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FORMS THE PHAGE SHELL AND BINDS TO THE PHAGE RNA

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Valegard, K., (1986) J.Mol.Biol., 190, 587.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0 %(w/v)MS21drop
20.2 Msodium phosphate1drop
31.5 %(w/v)PEG60001drop
40.02 %(w/v)1dropNaN3
50.4 Msodium phospahte1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47 Å / Num. obs: 374908 / % possible obs: 69 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / % possible all: 13
反射
*PLUS
最高解像度: 2.18 Å / 最低解像度: 47 Å / % possible obs: 69 % / Rmerge(I) obs: 0.16
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.39

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MS2 RECOMBINANT CAPSIDS

解像度: 2.2→47 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 394 0.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 372421 71.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9223 Å2 / ksol: 0.303283 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.31 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 728 0 205 3828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.182 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 4 0.1 %
Rwork0.313 3309 -
obs--12.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-5BR_MULT.PARAMDNA-RNA-5BR.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.313

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る