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万見
- PDB-2bt6: Ru(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bt6
タイトルRu(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin
要素ADRENODOXIN 1
キーワードELECTRON TRANSPORT / RUTHENIUM(II) BIPYRIDYL COMPLEX / INTRAMOLECULAR ELECTRON TRANSFER / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / electron transport chain ...Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Endogenous sterols / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE) / Adrenodoxin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Halavaty, A. / Mueller, J.J. / Contzen, J. / Jung, C. / Hannemann, F. / Bernhardt, R. / Galander, M. / Lendzian, F. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Light-Induced Reduction of Bovine Adrenodoxin Via the Covalently Bound Ruthenium(II) Bipyridyl Complex: Intramolecular Electron Transfer and Crystal Structure.
著者: Halavaty, A. / Mueller, J.J. / Contzen, J. / Jung, C. / Hannemann, F. / Bernhardt, R. / Galander, M. / Lendzian, F. / Heinemann, U.
履歴
登録2005年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADRENODOXIN 1
B: ADRENODOXIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2687
ポリマ－23,6412
非ポリマー1,6285
水3,801211
1
A: ADRENODOXIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6223
ポリマ－11,8201
非ポリマー8022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADRENODOXIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6464
ポリマ－11,8201
非ポリマー8263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.510, 56.970, 79.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADRENODOXIN 1 / BOVINE ADRENODOXIN / ADRENAL FERREDOXIN


分子量: 11820.351 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 63-166 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT LINK BETWEEN CYS95 AND C39 ATOM OF RU(BPY)2(MBPY) PER EACH CHAIN IN ASYMMETRIC UNIT
由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: ADRENAL CORTEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00257
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-RUA / (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE)


分子量: 625.897 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H56N6Ru
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: TRANSFER ELECTRONS FROM ADRENODOXIN REDUCTASE TO THE CHOLESTEROL SIDE CHAIN CLEAVAGE CYTOCHROME P450

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化pH: 7.4
詳細: 30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 10MM TRIS, PH 7.4, 10MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.006321
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月16日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI (111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 35907 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AYF

1ayf


解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.613 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 1822 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.163 34414 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 87 211 1903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.6312.7272582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81533650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4565210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78325.48882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.54615311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.404159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.21613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.66721103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05231686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.684.51194
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8816890
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.273 137
Rwork0.222 2456
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.54442.325-0.208717.25799.079211.506-0.00620.3384-0.6888-0.0981-0.06420.08610.6667-0.08440.0703-0.0806-0.0026-0.0245-0.0115-0.05610.001313.072314.6095-4.8172
22.3847-0.41230.21624.96050.60983.35850.02360.1417-0.0196-0.23440.0105-0.0615-0.14380.1106-0.0341-0.1454-0.01370.0079-0.0531-0.0171-0.061519.247120.09941.1149
33.2249-0.3327-0.64152.9993-2.682210.3640.0508-0.02240.01990.1103-0.0894-0.2513-0.1320.41660.0387-0.1318-0.0051-0.0085-0.0853-0.0169-0.076924.943418.464110.3518
44.22490.15831.85182.81820.12173.95460.0745-0.3477-0.15660.2824-0.09560.25090.1224-0.46010.0211-0.0728-0.01390.048-0.0453-0.0088-0.041311.086318.902714.9027
53.00391.1461.43641.96531.12853.45910.06030.014-0.13990.01-0.04030.12030.1089-0.1057-0.0199-0.1468-0.00550.0243-0.0821-0.0204-0.086213.279816.18085.3537
62.1005-5.8833-1.567416.48833.880928.3925-0.1114-0.58750.83460.0035-0.1018-1.738-2.01931.67330.21320.175-0.2675-0.17970.27440.07720.208151.406919.959928.571
72.19061.331-0.69429.42320.48072.637-0.07020.01580.0276-0.2398-0.1402-0.6025-0.32140.4110.21040.0328-0.0986-0.05730.06970.070.017544.718815.058423.163
812.1457-3.63810.784.4331-1.84073.90890.12310.7358-0.1185-0.1874-0.3251-0.1709-0.07220.2610.2020.0081-0.0494-0.0536-0.02030.0276-0.074534.790316.941618.8071
94.7047-0.55131.10133.3098-0.5532.893-0.1454-0.380.23170.4862-0.0377-0.0257-0.45220.03780.18310.1136-0.0553-0.0391-0.03520.0031-0.06132.286416.715132.9317
102.38380.6776-0.49463.3216-0.79672.64750.0023-0.22650.18530.3519-0.1255-0.2614-0.53220.35940.12320.095-0.1205-0.0850.03120.0127-0.032941.408119.614929.4122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3A37 - 55
4X-RAY DIFFRACTION3A1109
5X-RAY DIFFRACTION4A56 - 90
6X-RAY DIFFRACTION5A91 - 108
7X-RAY DIFFRACTION5A1110
8X-RAY DIFFRACTION5B1111
9X-RAY DIFFRACTION6B5 - 9
10X-RAY DIFFRACTION7B10 - 36
11X-RAY DIFFRACTION8B37 - 55
12X-RAY DIFFRACTION8B1109
13X-RAY DIFFRACTION9B56 - 90
14X-RAY DIFFRACTION10B91 - 108
15X-RAY DIFFRACTION10B1110

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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