PDB-6m8o: Crystal structure of the receiver domain of LytR from Staphylococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m8o

タイトル

Crystal structure of the receiver domain of LytR from Staphylococcus aureus

要素

DNA-binding response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Two-Component System / Response Regulator / Receiver Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shala-Lawrence, A. / Audette, G.F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the receiver domain of LytR from Staphylococcus aureus
著者: Shala-Lawrence, A. / Audette, G.F.

履歴

登録	2018年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m8o.cif.gz	63.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m8o.ent.gz	46.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qvoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6is2-3 2bt6-2 3cnb-2 4qwo-1 1c4w-d 5zrl-1 2qzj-1 1dcm-2 6chy-1 6is3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

A: DNA-binding response regulator

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.747, 84.747, 157.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	DNA-binding response regulator / Sensory transduction protein LytR / Two-component response regulator 分子量: 15041.998 Da / 分子数: 1 / 断片: Response regulatory domain, residues 1-134 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: C3B39_09020, EP54_06415, EQ90_12235, HMPREF3211_02791 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W8UTS7, UniProt: P60611*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES (pH 6.5), 1.6 M magnesium sulfate heptahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→42.66 Å / Num. obs: 12211 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.9 % / B_iso Wilson estimate: 80.2 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 21.5 % / R_merge(I) obs: 2.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1323 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.781 / R_rim(I) all: 2.669 / Χ²: 0.93 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2qvo

2qvo

解像度: 2.5→42.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 18.513 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23666	628	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19944	-	-	-
obs	0.20136	11533	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.05 Å²	1.03 Å²	-0 Å²
2-	-	2.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→42.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	930	0	5	13	948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.014	947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.306	1.654	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.634	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.466	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.986	26.4	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.895	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.048	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.39	6.565	471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.253	6.562	470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.396	9.832	587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.392	9.84	588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.407	7.142	475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.971	7.126	471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.386	10.443	689
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.102	78.277	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.107	78.345	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	41	-
R_work	0.373	834	-
obs	-	-	99.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6803	1.496	0.322	11.464	1.7629	5.8579	0.0594	-0.2108	-0.0663	-0.1584	-0.0628	0.213	0.2762	0.0567	0.0033	0.3045	0.1214	-0.0291	0.0898	0.0035	0.0118	-4.3515	58.4592	2.0833
2	5.5205	-2.3578	-5.8423	6.7736	3.2817	7.1726	0.3809	-0.5539	-0.1086	0.0391	-0.1061	-0.1371	-0.1543	0.5098	-0.2748	0.3184	0.054	-0.0533	0.2261	0.0579	0.2255	-2.0753	53.7891	10.2062
3	1.0027	1.1562	-0.0161	11.4384	1.6394	6.2887	-0.0498	0.4351	0.0456	-0.7671	0.0751	-0.0411	0.3206	0.2219	-0.0253	0.3256	0.0568	0.0172	0.2251	0.0216	0.0257	-2.2313	60.1599	-7.1658
4	6.7083	2.0252	3.5887	4.1988	-1.3764	7.823	-0.0391	-0.4496	0.1866	-0.0033	-0.136	0.2506	-0.2062	-0.3951	0.1751	0.2859	0.0786	-0.0022	0.2141	-0.061	0.166	-6.2955	65.5324	9.596
5	355.3754	42.2811	-73.529	254.2541	-18.4443	411.5566	-0.6256	-1.0256	-4.1826	-0.9886	2.9153	1.2083	-3.3751	2.3084	-2.2897	0.4675	0.0362	0.0499	0.4392	-0.0099	0.4701	10.2838	56.3952	0.7606
6	0.0576	0.0088	-0.6087	1.1234	1.4491	8.6433	0.0225	0.0033	-0.007	0.3913	0.0697	-0.1664	0.2621	0.1287	-0.0921	0.2174	0.1115	-0.0493	0.1146	-0.0244	0.1275	-3.7806	61.8737	-0.1551

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	76 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	96 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 25
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	34 - 47
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	54 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	82 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	102 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	201
12	X-RAY DIFFRACTION	6	A	301 - 313

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