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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cje | ||||||
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タイトル | ADRENODOXIN FROM BOVINE | ||||||
![]() | ADRENODOXIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSPORT PROTEIN / IRON SULFUR PROTEIN / 2FE-2S FERREDOXIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin ...Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / cellular response to cAMP / cellular response to forskolin / cholesterol metabolic process / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pikuleva, I.A. / Tesh, K. / Waterman, M.R. / Kim, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The tertiary structure of full-length bovine adrenodoxin suggests functional dimers. 著者: Pikuleva, I.A. / Tesh, K. / Waterman, M.R. / Kim, Y. #1: ![]() タイトル: New aspects of electron transfer revealed by the crystal structure of a truncated bovine adrenodoxin, Adx(4-108). 著者: Muller, A. / Muller, J.J. / Muller, Y.A. / Uhlmann, H. / Bernhardt, R. / Heinemann, U. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985 タイトル: Molecular cloning and amino acid sequence of the precursor form of bovine adrenodoxin: evidence for a previously unidentified COOH-terminal peptide. 著者: Okamura, T. / John, M.E. / Zuber, M.X. / Simpson, E.R. / Waterman, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 404 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 417.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ayfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13974.683 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FES / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE MATURE ADRENODOXIN IS GENERATED FROM THE ADREDOXIN PRECURSOR (ADX_BOVIN: P00257) BY CLEAVING ...THE MATURE ADRENODOXI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 17191 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 57.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17178 / Num. measured all: 66064 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 57 % / Rmerge(I) obs: 0.293 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AYF 解像度: 2.5→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 385760.48 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.1 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Rfactor Rfree: 0.311 / Rfactor Rwork: 0.235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 44.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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