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万見
- PDB-5x5j: Crystal structure of response regulator AdeR receiver domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x5j
タイトルCrystal structure of response regulator AdeR receiver domain
要素AdeR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / bacterial signaling transduction / two-component regulatory system / response regulator / AdeR
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Wen, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaNO.31500051 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insight into how multidrug resistant Acinetobacter baumannii response regulator AdeR recognizes an intercistronic region.
著者: Wen, Y. / Ouyang, Z. / Yu, Y. / Zhou, X. / Pei, Y. / Devreese, B. / Higgins, P.G. / Zheng, F.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AdeR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6011
ポリマ－15,6011
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.258, 65.258, 50.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-261-

HOH

21A-289-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AdeR


分子量: 15601.026 Da / 分子数: 1 / 断片: response regulator (UNP RESIDUES 1-137) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TA00
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→37.58 Å / Num. obs: 24660 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.401→37.582 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 1993 8.08 %
Rwork0.1844 --
obs0.1861 24656 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→37.582 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数922 0 0 105 1027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4041275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.532361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4009-1.43590.29981330.27811560X-RAY DIFFRACTION98
1.4359-1.47470.24681410.23521598X-RAY DIFFRACTION100
1.4747-1.51810.27131450.21331601X-RAY DIFFRACTION100
1.5181-1.56710.23651360.19771596X-RAY DIFFRACTION100
1.5671-1.62310.22861430.18831619X-RAY DIFFRACTION100
1.6231-1.68810.21591410.191591X-RAY DIFFRACTION100
1.6881-1.7650.22411470.19511624X-RAY DIFFRACTION100
1.765-1.8580.20021390.1821590X-RAY DIFFRACTION100
1.858-1.97440.22251410.18321617X-RAY DIFFRACTION100
1.9744-2.12680.20781440.17911618X-RAY DIFFRACTION100
2.1268-2.34090.19251410.17241637X-RAY DIFFRACTION100
2.3409-2.67950.20271440.17931625X-RAY DIFFRACTION100
2.6795-3.37560.19861440.18251655X-RAY DIFFRACTION100
3.3756-37.59570.18761540.17881732X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.9632 Å / Origin y: 15.8008 Å / Origin z: 1.9137 Å
111213212223313233
T0.1051 Å2-0.0183 Å20.0096 Å2-0.1101 Å20.0012 Å2--0.1157 Å2
L1.3521 °2-0.2264 °2-0.042 °2-0.7812 °2-0.1616 °2--1.4814 °2
S-0.0241 Å °-0.0293 Å °-0.0158 Å °-0.0533 Å °-0.0029 Å °-0.0637 Å °-0.0093 Å °0.1518 Å °-0.0176 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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