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- PDB-2bra: Structure of N-Terminal FAD Binding motif of mouse MICAL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bra
タイトルStructure of N-Terminal FAD Binding motif of mouse MICAL
要素NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
キーワードTRANSPORT / AXON GUIDANCE / VESICLE TRANSPORT / FLAVOPROTEIN / REDOX / PLEXIN / COILED COIL / CYTOSKELETON / FAD / LIM DOMAIN / METAL-BINDING / ZINC
機能・相同性
機能・相同性情報


hippocampal mossy fiber expansion / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / intercellular bridge ...hippocampal mossy fiber expansion / F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / NAD(P)H oxidase (H2O2-forming) / sulfur oxidation / regulation of regulated secretory pathway / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / intercellular bridge / FAD binding / actin filament / monooxygenase activity / SH3 domain binding / small GTPase binding / actin binding / midbody / endosome membrane / cilium / ciliary basal body / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Mical, Rossman domain / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / LIM zinc-binding domain signature. / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type ...: / Mical, Rossman domain / bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / LIM zinc-binding domain signature. / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain / FAD binding domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / [F-actin]-monooxygenase MICAL1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nadella, M. / Bianchet, M.A. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2005
タイトル: Structure and activity of the axon guidance protein MICAL.
著者: Nadella, M. / Bianchet, M.A. / Gabelli, S.B. / Barrila, J. / Amzel, L.M.
履歴
登録2005年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42018年3月14日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
B: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5155
ポリマ－106,9092
非ポリマー1,6073
水11,115617
1
A: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2402
ポリマ－53,4541
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2753
ポリマ－53,4541
非ポリマー8212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.969, 87.338, 80.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NEDD9 INTERACTING PROTEIN WITH CALPONIN HOMOLOGY AND LIM DOMAINS / MICAL / MOLECULE INTERACTING WITH CASL PROTEIN 1


分子量: 53454.297 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-484 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 組織: MAMMARY TUMOR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q8VDP3
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細POSSIBLE CYTOSKELETAL REGULATOR THAT CONNECTS NEDD9 TO INTERMEDIATE FILAMENTS ENGINEERED RESIDUE IN ...POSSIBLE CYTOSKELETAL REGULATOR THAT CONNECTS NEDD9 TO INTERMEDIATE FILAMENTS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 141 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 142 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 141 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 142 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 4.6
詳細: PROTEIN SAMPLE: 20 MM HEPES PH 7.0, 1M NACL, 1MM DTT, 4 MG/ML MICAL RECERVOIR: 100MM NA ACETATE PH 4.6, 42% W/V PEG 2K MME 0.3 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月14日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 62811 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→27.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.6 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 3124 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 59660 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å2-2 Å2
2--2.33 Å20 Å2
3----2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7413 0 107 617 8137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0227692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9761.97410441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2515946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.41223.362345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.778151264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6241560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.23911
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.25181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2950.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1891.54830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86627518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.84633326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3514.52923
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.354 220
Rwork0.253 3836
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69880.05920.06820.6103-0.28950.55330.03170.0523-0.0401-0.01450.0110.0120.04690.0354-0.04280.0353-0.0061-0.0056-0.1135-0.01640.021741.6126.904-6.317
22.0290.1537-1.32611.0766-0.0885.89780.0302-0.1126-0.09110.0801-0.0509-0.12860.05540.39040.0208-0.03070.00160.0052-0.10030.0004-0.003168.57141.0453.245
30.7872-0.02360.54940.5020.08091.81910.0348-0.0194-0.0578-0.01870.0189-0.01670.082-0.1045-0.0537-0.00060.01770.0004-0.10150.0134-0.001854.08724.26441.71
41.84060.0934-1.10930.7158-0.427510.13870.06850.0968-0.0266-0.07630.02590.1471-0.1003-0.1905-0.0945-0.03770.0304-0.0043-0.11250.008-0.032330.04543.27232.875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 234
2X-RAY DIFFRACTION1A368 - 520
3X-RAY DIFFRACTION2A235 - 369
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 234
5X-RAY DIFFRACTION3B368 - 520
6X-RAY DIFFRACTION4B235 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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