- PDB-2bpb: Sulfite dehydrogenase from Starkeya Novella -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2bpb
タイトル
Sulfite dehydrogenase from Starkeya Novella
要素
SULFITE\:CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE SUBUNIT A
SULFITE\:CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE SUBUNIT B
キーワード
OXIDOREDUCTASE / SULFITE OXIDASE / MOLYBDOPTERIN / C-TYPE CYTOCHROME / HEME / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報
sulfite oxidase activity / sulfur compound metabolic process / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
HEME C / (MOLYBDOPTERIN-S,S)-OXO-MOLYBDENUM / Sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit B / Sulfite:cytochrome c oxidoreductase subunit A 類似検索 - 構成要素
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Molecular Basis of Intramolecular Electron Transfer in Sulfite-Oxidizing Enzymes is Revealed by High Resolution Structure of a Heterodimeric Complex of the Catalytic Molybdopterin ...タイトル: Molecular Basis of Intramolecular Electron Transfer in Sulfite-Oxidizing Enzymes is Revealed by High Resolution Structure of a Heterodimeric Complex of the Catalytic Molybdopterin Subunit and a C-Type Cytochrome Subunit. 著者: Kappler, U. / Bailey, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis of Sulfite Dehydrogenase from Starkeya Novella. 著者: Kappler, U. / Bailey, S.
履歴
登録
2005年4月19日
登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0
2005年4月28日
Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1
2011年5月8日
Group: Version format compliance
改定 1.2
2011年7月13日
Group: Version format compliance
Remark 700
SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.
THE DIMER DESCRIBED HERE IS ACTUALLY A HETERO-DIMER, FORMEDFROM CHAINS A AND B. THE HETERO-DIMER IS KNOWN TO BE STABLEIN SOLUTION. FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.074 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.9→36 Å / Num. obs: 40189 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.2.0005
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.977 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21
2047
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.166
-
-
-
obs
0.168
38033
97.6 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK