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- PDB-1h5z: CYTOCHROME P450 14 ALPHA-STEROL DEMETHYLASE (CYP51) FROM MYCOBACT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h5z
タイトルCYTOCHROME P450 14 ALPHA-STEROL DEMETHYLASE (CYP51) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN FERRIC LOW-SPIN STATE
要素CYTOCHROME P450 51
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450 / 14 ALPHA-STEROL DEMETHYLASE / FERRIC LOW-SPIN / STEROL BIOSYNTHESIS / MONOOXYGENASE / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase (ferredoxin) / sterol 14-demethylase activity / sterol biosynthetic process / sterol 14alpha-demethylase / sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding ...sterol 14alpha-demethylase (ferredoxin) / sterol 14-demethylase activity / sterol biosynthetic process / sterol 14alpha-demethylase / sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Lanosterol 14-alpha demethylase / Sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Podust, L.M. / Arase, M. / Waterman, M.R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Estriol Bound and Ligand-Free Structures of Sterol 14Alpha-Demethylase.
著者: Podust, L.M. / Yermalitskaya, L.V. / Lepesheva, G.I. / Podust, V.N. / Dalmasso, E.A. / Waterman, M.R.
#1: ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Substrate Recognition Sites in 14Alpha-Sterol Demethylase from Comparative Analysis of Amino Acid Sequences and X-Ray Structure of Mycobacterium Tuberculosis Cyp51.
著者: Podust, L.M. / Stojan, J. / Poulos, T.L. / Waterman, M.R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Cytochrome P450 14Alpha -Sterol Demethylase (Cyp51) from Mycobacterium Tuberculosis in Complex with Azole Inhibitors.
著者: Podust, L.M. / Poulos, T.L. / Waterman, M.R.
履歴
登録2001年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22015年8月5日Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1723
ポリマ－51,4991
非ポリマー6722
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.489, 84.827, 110.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 51 / CYP51 / STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE / LANOSTEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE / P450-14DM


分子量: 51499.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS 394 BINDS HEME IRON
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CYP51, RV0764C, MTCY369.09C / プラスミド: PET17B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174
参照: UniProt: P77901, UniProt: P9WPP9*PLUS, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FOUR HIS RESIDUES WERE ENGINEERED AT C-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.132 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M NA CACODYLATE, PH 6.5, 22 C
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.2 mMprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
350 mM1dropNaCl
420 %PEG40001reservoir
510 %isopropanol1reservoir
60.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU-MSC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月22日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40 Å / Num. obs: 25277 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 90.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 4.1 % / Num. measured all: 103288 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E9X

1e9x


解像度: 2.05→35.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 203124.28 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HIS TAG ON THE C-TERMINAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2415 9.9 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 24451 87.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.054 Å2 / ksol: 0.375135 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.58 Å20 Å20 Å2
2---3.98 Å20 Å2
3----0.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→35.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 0 44 280 3761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 347 9.1 %
Rwork0.239 3478 -
obs--83.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2HEM.PARHEM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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