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- PDB-4naw: Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4naw | ||||||
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Title | Crystal Structure of Human ATG12~ATG5-ATG16N in complex with a fragment of ATG3 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT/LIGASE / protein-protein conjugate / ubiquitin-like protein / autophagy / E3 ligase / PROTEIN TRANSPORT-LIGASE complex | ||||||
Function / homology | ![]() Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg12 transferase activity / otolith development / regulation of autophagosome maturation / positive regulation of viral translation / response to fluoride / regulation of cytokine production involved in immune response / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / antigen processing and presentation of endogenous antigen ...Atg8-family conjugating enzyme activity / Atg12 transferase activity / otolith development / regulation of autophagosome maturation / positive regulation of viral translation / response to fluoride / regulation of cytokine production involved in immune response / Atg8-family ligase activity / Atg12-Atg5-Atg16 complex / antigen processing and presentation of endogenous antigen / C-terminal protein lipidation / phagophore / vacuole-isolation membrane contact site / ubiquitin-like protein transferase activity / negative regulation of defense response to virus / cellular response to nitrosative stress / ventricular cardiac muscle cell development / positive regulation of stress granule assembly / glycophagy / negative regulation of autophagic cell death / microautophagy / regulation of cilium assembly / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / aggrephagy / mucus secretion / nucleophagy / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / response to fungus / transferase complex / xenophagy / negative thymic T cell selection / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / corpus callosum development / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / cellular response to nitrogen starvation / negative stranded viral RNA replication / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / endolysosome membrane / Transferases; Acyltransferases; Aminoacyltransferases / phagophore assembly site / response to iron(II) ion / protein targeting to membrane / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of mucus secretion / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / chaperone-mediated autophagy / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / heart contraction / axoneme / autophagosome membrane / mitophagy / autophagosome maturation / autophagosome assembly / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / autophagosome / blood vessel remodeling / positive regulation of autophagy / protein-membrane adaptor activity / sperm midpiece / cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of protein ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / negative regulation of innate immune response / post-translational protein modification / establishment of localization in cell / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / hippocampus development / macroautophagy / autophagy / vasodilation / phagocytic vesicle membrane / protein transport / GTPase binding / chromatin organization / defense response to virus / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / axon / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Metlagel, Z. / Otomo, C. / Takaesu, G. / Otomo, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of ATG3 recognition by the autophagic ubiquitin-like protein ATG12. Authors: Metlagel, Z. / Otomo, C. / Takaesu, G. / Otomo, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Data in CIF | ![]() | 84 KB | Display | |
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Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules AEIMBFJN
#1: Protein | Mass: 10282.029 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 52-140 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 32489.195 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide , 2 types, 8 molecules CGKODHLP
#3: Protein/peptide | Mass: 4657.435 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 11-43 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein/peptide | Mass: 3822.822 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 140-170 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9NT62, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) |
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-Non-polymers , 3 types, 612 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: PROTEIN - 10 MG/ML in 0.01M HEPES pH 7.0, 0.15 M NaCl, 0.001 M DTT, RESERVOIR - 0.1M MES pH6.0-6.75, 0.2 M ammonium sulfate, 10-16% PEG 5000 MME, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.195→50 Å / Num. obs: 109340 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 170.46 Å2 / Biso mean: 66.975 Å2 / Biso min: 25.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.195→48.832 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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