[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6ysa: Crystal structure of Arabidopsis thaliana legumain isoform beta i... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ysa | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Arabidopsis thaliana legumain isoform beta in zymogen state | |||||||||
![]() | Vacuolar-processing enzyme beta-isozyme | |||||||||
![]() | HYDROLASE / protease / ligase / proenzyme / vacuolar processing enzyme / VPE | |||||||||
Function / homology | ![]() protein storage vacuole / legumain / vacuolar protein processing / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dall, E. / Zauner, F.B. / Brandstetter, H. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional studies ofArabidopsis thalianalegumain beta reveal isoform specific mechanisms of activation and substrate recognition. Authors: Dall, E. / Zauner, F.B. / Soh, W.T. / Demir, F. / Dahms, S.O. / Cabrele, C. / Huesgen, P.F. / Brandstetter, H. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.6 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 188.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 262.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5nijS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||
5 | ![]()
| ||||||||||||
6 | ![]()
| ||||||||||||
7 | ![]()
| ||||||||||||
8 | ![]()
| ||||||||||||
9 | ![]()
| ||||||||||||
10 | ![]()
| ||||||||||||
11 | ![]()
| ||||||||||||
12 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 50576.793 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-CIT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.71 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.5 M ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate and 0.1 M trisodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 15, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.949998 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.01→49.69 Å / Num. obs: 337197 / % possible obs: 90.2 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 31.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 6.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.01→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 15861 / CC1/2: 0.22 / Rpim(I) all: 0.99 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5nij Resolution: 2.01→49.68 Å / SU ML: 0.2897 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.5142 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→49.68 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|