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- PDB-2bob: Potassium channel KcsA-Fab complex in thallium with tetrabutylamm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bob
タイトルPotassium channel KcsA-Fab complex in thallium with tetrabutylammonium (TBA)
要素
  • (ANTIBODY FAB FRAGMENT ...) x 2
  • POTASSIUM CHANNEL KCSA
キーワードIMMUNE SYSTEM/TRANSPORT PROTEIN / COMPLEX (ANTIBODY-ION CHANNEL) / POTASSIUM CHANNEL / ION TRANSPORT / IONIC CHANNEL / PROTEIN- ANTIBODY FAB COMPLEX / IMMUNE SYSTEM-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TETRABUTYLAMMONIUM ION / THALLIUM (I) ION / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Lenaeus, M.J. / Vamvouka, M. / Focia, P.J. / Gross, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of Tea Blockade in a Model Potassium Channel
著者: Lenaeus, M.J. / Vamvouka, M. / Focia, P.J. / Gross, A.
履歴
登録2005年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
C: POTASSIUM CHANNEL KCSA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5646
ポリマ－60,0593
非ポリマー5063
水1,00956
1
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
C: POTASSIUM CHANNEL KCSA
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
C: POTASSIUM CHANNEL KCSA
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
C: POTASSIUM CHANNEL KCSA
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
C: POTASSIUM CHANNEL KCSA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,25724
ポリマ－240,23412
非ポリマー2,02312
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_855-y+3,x,z1
crystal symmetry operation4_585y,-x+3,z1
crystal symmetry operation2_885-x+3,-y+3,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)155.267, 155.267, 75.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-201-

TL

21C-202-

CO

31C-203-

TBA

41C-308-

HOH

51C-316-

HOH

詳細FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350THIS PDB ENTRY CONSISTS OF ONE CONSTITUENT CHAIN OFA POTASSIUM CHANNEL AND THE LIGHT AND HEAVY CHAINS OF AFAB WHICH IS BOUND TO THE CHANNEL PROTEIN. THE HOMO-TETRAMERIC CHANNEL IS COMPRISED OF FOUR SYMMETRY-RELATEDCOPIES OF THE CHANNEL PROTEIN.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 POTASSIUM CHANNEL KCSA


分子量: 13211.582 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-124 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NOVABLUE / 参照: UniProt: P0A334

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 59分子

#4: 化合物 ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物 ChemComp-TBA / TETRABUTYLAMMONIUM ION / テトラブチルアンモニウム


分子量: 242.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36N
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 90 CYS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.55 %
結晶化pH: 5.4 / 詳細: PEG 400, MAGNESIUM ACETATE, SODIUM ACETATE, pH 5.40

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.97664
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97664 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→25 Å / Num. obs: 21783 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K4C

1k4c


解像度: 2.76→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 11.34 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.561 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: MOLECULAR REPLACEMENT AND INITIAL REFINEMENT WERE PERFORMED IN CNS. A COBALT ION WAS MODELED NEAR HIS C 124 CONSISTENT WITH ANOMALOUS DATA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1193 5.2 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 21784 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 0 19 56 4149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.9345742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7838763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3975531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44723.478161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.53915647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0391522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.23749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22038
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1580.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2411.53383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.25424304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.17631864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2944.51438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.76→2.83 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.385 87
Rwork0.34 1548

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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