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- PDB-2dwe: Crystal structure of KcsA-FAB-TBA complex in Rb+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dwe
タイトルCrystal structure of KcsA-FAB-TBA complex in Rb+
要素
  • (ANTIBODY FAB ...) x 2
  • Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / POTASSIUM CHANNEL / TETRABUTYLAMMONIUM / K+ / KcsA
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NONAN-1-OL / (2S)-3-HYDROXY-2-(NONANOYLOXY)PROPYL LAURATE / RUBIDIUM ION / TETRABUTYLAMMONIUM ION / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yohannan, S. / Zhou, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic Study of the Tetrabutylammonium Block to the KcsA K(+) Channel
著者: Yohannan, S. / Hu, Y. / Zhou, Y.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8839
ポリマ－57,8263
非ポリマー1,0586
水1,74797
1
A: ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN
B: ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,53436
ポリマ－231,30312
非ポリマー4,23124
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area35630 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area86910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.560, 154.560, 75.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-3001-

RB

21C-3002-

RB

31C-3003-

RB

41C-4001-

TBA

詳細biological assembly is a tetramer generated by: chain A, chain B (x,y,z (1_555),2-x,2-y,z (2_775),2-y,x,z (3_755),y,2-x,z (4_575)); chain C (x,y,z (1_555),2-x,2-y,z (2_775),2-y,x,z (3_755),y,2-x,z (4_575))

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Voltage-gated potassium channel


分子量: 10978.736 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 22-124 / Mutation: L90C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma cell line / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 103分子

#4: 化合物 ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb
#5: 化合物 ChemComp-L2C / (2S)-3-HYDROXY-2-(NONANOYLOXY)PROPYL LAURATE


分子量: 414.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O5
#6: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#7: 化合物 ChemComp-TBA / TETRABUTYLAMMONIUM ION / テトラブチルアンモニウム


分子量: 242.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36N
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18-25% PEG 400, 50mM MG(AC)2, 50mM NaAc(pH 5) or Na cacodylate(pH 6) or HEPES(pH 7), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射モノクロメーター: Si-111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→26.84 Å / Num. all: 30997 / Num. obs: 30341 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1K4C

1k4c


解像度: 2.5→26.84 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.266 1527 RANDOM
Rwork0.23 --
all0.245 30997 -
obs0.245 30341 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2 Å20 Å20 Å2
2--6.2 Å20 Å2
3----12.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→26.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4067 0 59 97 4223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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