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万見
- PDB-2bkk: Crystal structure of Aminoglycoside Phosphotransferase APH(3')-II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkk
タイトルCrystal structure of Aminoglycoside Phosphotransferase APH(3')-IIIa in complex with the inhibitor AR_3a
要素
  • AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE
  • DESIGNED ANKYRIN REPEAT INHIBITOR AR_3A
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / TRANSFERASE-DESIGNED PROTEIN COMPLEX / ANKYRIN REPEAT / CO-CRYSTALLIZATION / INHIBITOR DESIGN / DRUG DESIGN / ENZYME INHIBITION / KINASE INHIBITION / DESIGNED REPEAT PROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ATP-BINDING / KINASE / PLASMID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kanamycin kinase / kanamycin kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3-phosphotransferase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Aminoglycoside 3-phosphotransferase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kohl, A. / Amstutz, P. / Parizek, P. / Binz, H.K. / Briand, C. / Capitani, G. / Forrer, P. / Pluckthun, A. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Allosteric Inhibition of Aminoglycoside Phosphotransferase by a Designed Ankyrin Repeat Protein
著者: Kohl, A. / Amstutz, P. / Parizek, P. / Binz, H.K. / Briand, C. / Capitani, G. / Forrer, P. / Pluckthun, A. / Grutter, M.G.
履歴
登録2005年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE
B: DESIGNED ANKYRIN REPEAT INHIBITOR AR_3A
C: AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE
D: DESIGNED ANKYRIN REPEAT INHIBITOR AR_3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,11710
ポリマ－99,1664
非ポリマー9526
水6,251347
1
A: AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE
B: DESIGNED ANKYRIN REPEAT INHIBITOR AR_3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0595
ポリマ－49,5832
非ポリマー4763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE
D: DESIGNED ANKYRIN REPEAT INHIBITOR AR_3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0595
ポリマ－49,5832
非ポリマー4763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.670, 98.082, 81.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AMINOGLYCOSIDE 3'-PHOSPHOTRANSFERASE / APH IIIA / KANAMYCIN KINASE TYPE III / NEOMYCIN-KANAMYCIN PHOSPHOTRANSFERASE TYPE III / APH(3')III


分子量: 30979.916 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 解説: STREPTOCOCCUS FAECALIS, STAPHYLOCOCCUS AUREUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00554, UniProt: P0A3Y5*PLUS, kanamycin kinase
#2: タンパク質 DESIGNED ANKYRIN REPEAT INHIBITOR AR_3A


分子量: 18602.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: RESISTANCE TO AMINOGLYCOSIDES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化詳細: 15-20 % PEG 5500, 0.1 M MES PH 5.9-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 46440 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1MJO, 1J7L

1mjo

1j7l


解像度: 2.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE ARE TWO INDEPENDENT COMPLEXES AB AND CD IN THE ASYMMETRIC UNIT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1122 2.4 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2 45310 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å22.37 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6595 0 58 347 7000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.9819183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872314075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8775815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.27481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.24068
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2770.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.250.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.74624069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.66936525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.90122717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.90732658
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.386 3
Rwork0.274 2588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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