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- PDB-2bkh: Myosin VI nucleotide-free (MDInsert2) crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkh
タイトルMyosin VI nucleotide-free (MDInsert2) crystal structure
要素
  • CALMODULIN
  • UNCONVENTIONAL MYOSIN
キーワードMOTOR PROTEIN/METAL-BINDING PROTEIN / COMPLEX (MOTOR PROTEIN-CALMODULIN) / MYOSIN VI / REVERSE MYOSIN / CALMODULIN / NON-CONVENTIONAL MYOSIN / NUCLEOTIDE-FREE CONFORMATION / MUSCLE PROTEIN / MOTOR PROTEIN-METAL-BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex ...negative regulation of phospholipase C-activating phototransduction signaling pathway / myosin VI complex / myosin VI head/neck binding / myosin VII complex / photoreceptor cell axon guidance / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / rhabdomere development / rhabdomere / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of smell / myosin V complex / regulation of secretion / kinetochore organization / autophagic cell death / G protein-coupled opsin signaling pathway / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / myosin V binding / channel regulator activity / cellular response to ethanol / myosin complex / clathrin-coated vesicle / inner ear morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / mitotic spindle pole / filamentous actin / centriole replication / cytoskeletal motor activity / microvillus / enzyme regulator activity / ruffle / centriole / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / actin filament organization / filopodium / actin filament / intracellular protein transport / sensory perception of sound / ADP binding / spindle / microtubule cytoskeleton organization / ruffle membrane / endocytosis / actin filament binding / mitotic spindle / sensory perception of smell / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / midbody / cell cortex / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / calmodulin binding / centrosome / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種SUS SCROFA (ブタ)
DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Menetrey, J. / Bahloul, A. / Yengo, C. / Wells, A. / Morris, C. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: The Structure of the Myosin Vi Motor Reveals the Mechanism of Directionality Reversal
著者: Menetrey, J. / Bahloul, A. / Wells, A. / Yengo, C. / Morris, C. / Sweeney, H.L. / Houdusse, A.
履歴
登録2005年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNCONVENTIONAL MYOSIN
B: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,57112
ポリマ－109,8592
非ポリマー71310
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.570, 104.437, 90.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UNCONVENTIONAL MYOSIN / MYOSIN VI


分子量: 93033.078 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN-INSERT2, RESIDUES 2-816 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q29122
#2: タンパク質 CALMODULIN / CAM


分子量: 16825.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62152
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY ...THE AUTHORS STATE THAT THE ORIGINAL SEQUENCE (UNIPROT Q29122) OF MYOSIN VI FROM PIG WAS MOST LIKELY INCORRECT BECAUSE THE CHANGES THAT ARE IN THEIR CLONE (LYS DELETION AND THE 6 MUTATIONS) ARE CONSERVED ACROSS THE MYOSIN VI FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化詳細: 8-10% PEG 8000, 50MM MES PH 6.7, 150MM NH4.SO4, 3% ISO-PROPANOL, 3% TERT-BUTANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 49721 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OE9

1oe9


解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 7.454 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS 356-360 AND 623-639 IN CHAIN A AND 73-80 IN CHAIN B WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2520 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 47177 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å2-0.09 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7403 0 40 285 7728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0217574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.95610189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.776315878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6835919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.27773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24394
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2620.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6171.54586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17927387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51232988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6534.52802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 352
Rwork0.259 6855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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