PDB-2bh1: X-ray structure of the general secretion pathway complex of the N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bh1

タイトル

X-ray structure of the general secretion pathway complex of the N- terminal domain of EpsE and the cytosolic domain of EpsL of Vibrio cholerae

要素

GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E,
GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TYPE II SECRETION / VIBRIO CHOLERAE / EPS / GSP / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT / ATP-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Gram-negative-bacterium-type cell wall / protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Abendroth, J. / Murphy, P.M. / Mushtaq, A. / Bagdasarian, M. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The X-Ray Structure of the Type II Secretion System Complex Formed by the N-Terminal Domain of Epse and the Cytoplasmic Domain of Epsl of Vibrio Cholerae
著者: Abendroth, J. / Murphy, P.M. / Mushtaq, A. / Bagdasarian, M. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J.

履歴

登録	2005年1月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bh1.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bh1.ent.gz	104.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/2bh1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yf5C 1w97S 1p9r 1p9w S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5htl-d 3hn8-2 3hn8-1 1aoh-d 3fmr-1 5gw9-5 2cad-d 3fmq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L

B: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L

X: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E,

Y: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E,

ヘテロ分子

78.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L

X: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E,

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L

Y: GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E,

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.887, 89.325, 79.726
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	X
2	2	Y

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	2 - 239	2 - 239
2	1	SER	SER	LYS	LYS	B	B	2 - 239	2 - 239
1	2	ILE	ILE	GLN	GLN	X	C	14 - 81	14 - 81
2	2	ILE	ILE	GLN	GLN	Y	D	14 - 81	14 - 81

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.1554, 0.8236, -0.5455), (0.8371, -0.1834, -0.5153), (-0.5244, -0.5367, -0.661)	19.64, 1.084, 32.6
2	given	(-0.1285, 0.8661, -0.483), (0.7366, -0.2427, -0.6312), (-0.664, -0.4369, -0.6068)	15.68, 8.174, 31.81

詳細

FOR THE HETERO_ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350

#1: タンパク質	GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L / CHOLERA TOXIN SECRETION PROTEIN / EPSL / GENERAL SECRETION PROTEIN EPSL 分子量: 27983.732 Da / 分子数: 2 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 5-246 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45782
#2: タンパク質	GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E, / TYPE II TRAFFIC WARDEN ATPASE / CHOLERA TOXIN SECRETION PROTEIN EPSE / GENERAL SECRETION PROTEIN EPSE 分子量: 11187.723 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAIN N1, RESIDUES 1-96 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37093
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	pH: 5.5 詳細: 200MM CAOAC2, 100MM BISTRIS PH5.5, 25% PEG 3350, pH 5.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 27927 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W97

1w97

解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 21.652 / SU ML: 0.253 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	1381	4.9 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.194	26528	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.07 Å²	0 Å²	-3.62 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4868	0	1	177	5046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.137	1.965	6768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3	10646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.147	5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.985	24.783	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.322	15	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.865	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	4601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.103	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.132	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.064	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.307	1.5	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.52	2	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.696	3	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.099	4.5	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3620	loose positional	0.55	5
2	X	1106	loose positional	0.57	5
1	A	3620	loose thermal	0.89	10
2	X	1106	loose thermal	0.88	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.346	94
R_work	0.293	1904

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3164	0.7621	2.9955	4.2	0.9759	8.2427	0.3058	-0.418	-0.3552	0.3367	-0.1795	0.4908	0.5661	-0.9561	-0.1263	-0.1996	-0.06	0.0197	-0.0137	0.0213	-0.0016	-5.496	-5.452	8.799
2	6.2518	-1.8298	6.0224	5.8496	-1.8445	7.5135	0.0534	0.4297	0.2509	-0.4572	-0.1625	0.4323	-0.145	-0.1194	0.1091	-0.0475	0.1314	-0.0411	0.0985	-0.0628	-0.0136	-10.878	-0.881	-14.672
3	8.9211	-0.3677	0.5582	4.5793	1.2768	6.24	0.225	0.8162	0.1818	-0.156	-0.1435	-0.7701	-0.4785	0.8602	-0.0815	-0.1498	-0.0195	0.0335	0.0367	-0.0021	-0.0331	10.936	3.66	-4.856
4	2.9312	-0.4529	-0.2776	2.5267	-0.0841	7.3791	0.2165	-0.1009	-0.3998	0.079	0.1569	0.2927	1.1371	-0.7634	-0.3734	-0.0035	-0.104	-0.0126	-0.1876	0.0563	-0.0766	11.046	-6.617	32.849
5	12.5005	0.0788	0.7252	1.9185	-0.3394	7.2578	0.2685	-0.6425	-0.1446	0.4816	-0.0917	-0.4652	-0.1458	1.2257	-0.1768	0.056	-0.0089	-0.0772	0.0273	-0.0431	-0.0178	27.976	0.132	49.062
6	2.3368	0.8552	0.501	12.7198	-1.1795	4.6652	-0.2134	0.1061	0.4912	-0.2674	0.1781	-0.3164	-0.6706	0.3324	0.0353	-0.1895	-0.0396	0.1224	-0.1848	-0.0267	-0.1068	22.884	12.667	28.01
7	11.4091	-2.4272	-1.4775	4.6907	0.6721	8.9102	0.0458	-0.0209	-0.6397	-0.4082	-0.271	0.0415	0.2341	-0.4831	0.2252	-0.0165	0.0738	-0.0696	-0.1461	-0.0869	0.0329	6.455	-17.111	-18.263
8	4.1861	2.7739	4.0523	17.1028	4.1082	8.7561	0.1315	-0.6039	0.0937	1.0366	-0.258	1.1596	0.1344	-0.762	0.1265	-0.0178	0.0331	0.1106	-0.0414	-0.0221	-0.0122	15.775	20.033	50.807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	115 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	217 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 114
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	142 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 61
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	115 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	217 - 239
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	62 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	142 - 216
11	X-RAY DIFFRACTION	7	X	14 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	8	Y	14 - 81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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