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- PDB-1p9r: Crystal Structure of Vibrio cholerae putative NTPase EpsE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9r
タイトルCrystal Structure of Vibrio cholerae putative NTPase EpsE
要素General secretion pathway protein E
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Bacterial Type II secretion system cytoplasmic protein - GSPE / putative ATPase/ ATP binding protein / Metalloprotein (Metal-Cys4 site)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / GSPII protein E, N1E domain / Type II secretion system protein GspE / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / GSPII protein E, N1E domain / Type II secretion system protein GspE / Beta-Lactamase - #90 / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system ATPase E
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Robien, M.A. / Krumm, B.E. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the extracellular protein secretion NTPase EpsE of Vibrio cholerae
著者: Robien, M.A. / Krumm, B.E. / Sandkvist, M. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2003年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General secretion pathway protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2203
ポリマ－47,1191
非ポリマー1012
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.611, 103.611, 166.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 General secretion pathway protein E / Type II traffic warden ATPase / Cholera toxin secretion protein epsE


分子量: 47118.906 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal truncation of residues 1-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: EPSE OR VC2732 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P37093
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 200,3-morpholinopropanesulfonate, ammonium acetate, AMP-PNP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 6.3 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlprotein1drop
20.1 MTEA1drop
30.5 M1dropNaCl
410 %glycerol1drop
51 mMTCEP1drop
61 mMEDTA1drop
712-18 %(v/v)PEG5000 MME1reservoir
80.15-0.20 Mammonium sulfate1reservoir
90.1 MMES1reservoirpH6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9748 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月27日 / 詳細: KOHZU: Double crystal: Si(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9748 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→60 Å / Num. obs: 18982 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 930 / Rsym value: 0.653 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 12.71 % / Num. measured all: 241296 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
ELVESデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVEV. 2.02位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 5.11 / SU ML: 0.123 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.571 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26508 808 5 %RANDOM
Rwork0.21397 ---
obs0.21653 15262 84.9 %-
all-18927 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20.38 Å20 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 2 111 3045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.9784005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1555374
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6572.51874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.12563029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.22351098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1278976
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.285 47
Rwork0.215 804
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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