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- PDB-5gw9: Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gw9
タイトルCrystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF
要素Granulocyte colony-stimulating factor
キーワードCYTOKINE / four-helix bundle / backbone circulatization
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / Interleukin-10 signaling / cellular response to cytokine stimulus / Signaling by CSF3 (G-CSF) ...granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / Interleukin-10 signaling / cellular response to cytokine stimulus / Signaling by CSF3 (G-CSF) / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
GCSF/MGF / Granulocyte colony-stimulating factor / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte colony-stimulating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Miyafusa, T. / Honda, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science23510273 日本
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the backbone-circularized granulocyte colony-stimulating factor containing a short connector.
著者: Miyafusa, T. / Shibuya, R. / Honda, S.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulocyte colony-stimulating factor
B: Granulocyte colony-stimulating factor
C: Granulocyte colony-stimulating factor
D: Granulocyte colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3854
ポリマ－70,3854
非ポリマー00
水8,611478
1
A: Granulocyte colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5961
ポリマ－17,5961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Granulocyte colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5961
ポリマ－17,5961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Granulocyte colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5961
ポリマ－17,5961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Granulocyte colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5961
ポリマ－17,5961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Granulocyte colony-stimulating factor
C: Granulocyte colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1932
ポリマ－35,1932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14360 Å2
手法PISA
6
B: Granulocyte colony-stimulating factor

D: Granulocyte colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1932
ポリマ－35,1932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.941, 60.941, 178.509
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Granulocyte colony-stimulating factor / G-CSF / Pluripoietin


分子量: 17596.252 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 40-202 / 変異: P40S, C47S, A205G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1st Ser and 173rd Gly are connected with a peptide bond.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF3, C17orf33, GCSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09919
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.4M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 89146 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D9Q

2d9q


解像度: 1.65→34.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.043 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21828 4463 5 %RANDOM
Rwork0.17733 ---
obs0.17939 84608 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.04 Å2-
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→34.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4940 0 0 478 5418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0195490
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7191.9847516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.589312221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8475747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86524.587218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.36215934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4591526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2170.2845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0216518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3892.1772847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3882.1772846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1493.2533641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1493.2533642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9012.5572643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.92.5572644
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6573.73876
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.32819.0876900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.29518.5786723
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 345 -
Rwork0.247 6255 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28370.28140.20071.03320.78631.14410.04590.0362-0.01150.0811-0.01270.00240.12750.1309-0.03330.08240.037-0.03470.0484-0.01940.0459-0.635127.398-9.948
20.3384-0.3344-0.2071.08270.82551.16370.0434-0.0290.0145-0.0762-0.01320.0076-0.1330.1376-0.03020.0844-0.03870.03570.052-0.01890.0441-0.647118.90114.719
31.0946-0.158-0.75590.23960.16521.18430.04280.08140.00970.0377-0.01590.0142-0.1865-0.0486-0.02690.08690.0340.03070.04060.01970.0455-11.875146.868-15.029
41.12320.17020.78630.26940.23771.13160.0457-0.078-0.0067-0.0362-0.01290.01310.18-0.047-0.03280.0919-0.0328-0.03260.04150.0210.042518.595152.21519.805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4D11 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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