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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hn8 | ||||||
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Title | Crystal structure of synaptotagmin | ||||||
![]() | Synaptotagmin-3 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / synaptotagmin / Cell junction / Cytoplasmic vesicle / Membrane / Metal-binding / Synapse / Transmembrane | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of vesicle fusion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / transport vesicle membrane / clathrin binding / regulation of dopamine secretion ...positive regulation of vesicle fusion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / transport vesicle membrane / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / synaptic vesicle exocytosis / cellular response to calcium ion / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / synaptic membrane / response to calcium ion / presynapse / cell differentiation / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strop, P. / Vrljic, M. / Ernst, J. / Brunger, A.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular mechanism of the synaptotagmin-SNARE interaction in Ca2+-triggered vesicle fusion. Authors: Vrljic, M. / Strop, P. / Ernst, J.A. / Sutton, R.B. / Chu, S. / Brunger, A.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 348.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 296.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 476.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 33181.852 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 292-587 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 7.6 Å3/Da / Density % sol: 83.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: 17% MPD, 50mM CaCl2, 100mM NaCl, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jan 22, 2000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9778 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 10.36 / Number: 228916 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Χ2: 1.25 / D res high: 3.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 39136 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. all: 39136 / Num. obs: 39136 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Χ2: 1.255 / Net I/σ(I): 10.361 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.63 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Num. unique all: 3851 / Χ2: 1.589 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.648 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 257.56 Å2 / Biso mean: 90.786 Å2 / Biso min: 35.38 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→29.816 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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