PDB-3hn8: Crystal structure of synaptotagmin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hn8

タイトル

Crystal structure of synaptotagmin

要素

Synaptotagmin-3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / synaptotagmin / Cell junction / Cytoplasmic vesicle / Membrane / Metal-binding / Synapse / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of vesicle fusion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / clathrin binding / transport vesicle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Strop, P. / Vrljic, M. / Ernst, J. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular mechanism of the synaptotagmin-SNARE interaction in Ca2+-triggered vesicle fusion.
著者: Vrljic, M. / Strop, P. / Ernst, J.A. / Sutton, R.B. / Chu, S. / Brunger, A.T.

履歴

登録	2009年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hn8.cif.gz	352.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hn8.ent.gz	289.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hn8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hn8_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hn8_full_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示
XML形式データ	3hn8_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	3hn8_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hn8	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6pir-5 5bu1-d 2cad-d 4gk9-d 2bh1-1 5htl-d 3q2i-d 7c08-8 5gw9-5 2o6v-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Synaptotagmin-3

B: Synaptotagmin-3

C: Synaptotagmin-3

ヘテロ分子

100 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Synaptotagmin-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Synaptotagmin-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Synaptotagmin-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	205.675, 205.675, 143.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	PRO	PRO	chain A and (resseq 295:412 or resseq 414:573 )	A	A	295 - 412	4 - 121
1	2	ARG	ARG	SER	SER	chain A and (resseq 295:412 or resseq 414:573 )	A	A	414 - 573	123 - 282
2	1	GLY	GLY	PRO	PRO	chain B and (resseq 295:412 or resseq 414:573 )	B	B	295 - 412	4 - 121
2	2	ARG	ARG	SER	SER	chain B and (resseq 295:412 or resseq 414:573 )	B	B	414 - 573	123 - 282
3	1	GLY	GLY	PRO	PRO	chain C and (resseq 295:412 or resseq 414:573 )	C	C	295 - 412	4 - 121
3	2	ARG	ARG	SER	SER	chain C and (resseq 295:412 or resseq 414:573 )	C	C	414 - 573	123 - 282

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.044483, 0.998188, 0.040528), (-0.052226, -0.042836, 0.997716), (0.997644, 0.042265, 0.054037)	-146.026001, 35.2094, 101.112999
3	given	(-0.071986, 0.014386, 0.997302), (-0.001424, -0.999896, 0.014321), (0.997405, -0.000389, 0.071999)	-72.120499, 39.933399, 66.350899

#1: タンパク質	Synaptotagmin-3 / Synaptotagmin III / SytIII 分子量: 33181.852 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 292-587 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40748
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 17% MPD, 50mM CaCl2, 100mM NaCl, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9778 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月22日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9778 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.8 % / Av σ(I) over netI: 10.36 / 数: 228916 / R_merge(I) obs: 0.167 / Χ²: 1.25 / D res high: 3.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 39136 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.53	50	97.6	1	0.044	0.981	5.5
5.98	7.53	99.8	1	0.107	1.155	5.9
5.23	5.98	99.9	1	0.143	1.172	5.9
4.75	5.23	99.9	1	0.141	1.182	6
4.41	4.75	100	1	0.154	1.184	6
4.15	4.41	99.9	1	0.198	1.285	6
3.94	4.15	100	1	0.296	1.377	6
3.77	3.94	99.8	1	0.425	1.588	5.5
3.63	3.77	100	1	0.497	1.055	5.8
3.5	3.63	100	1	0.571	1.589	5.9

反射

解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 39136 / Num. obs: 39136 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.167 / Χ²: 1.255 / Net I/σ(I): 10.361

反射シェル

解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Num. unique all: 3851 / Χ²: 1.589 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→29.816 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.802 / SU ML: -0 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	3927	10.06 %	random
R_work	0.238	-	-	-
all	0.24	39055	-	-
obs	0.24	39055	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.648 Å² / k_sol: 0.308 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 257.56 Å² / B_iso mean: 90.786 Å² / B_iso min: 35.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-20.984 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-20.984 Å²	-0 Å²
3-	-	-	41.969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6651	0	21	0	6672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	9228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.163	4197

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2209	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
1	2	B	2209	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
1	3	C	2209	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.5-3.543	0.342	140	0.319	1235	1375	99
3.543-3.588	0.331	146	0.31	1212	1358	100
3.588-3.635	0.342	137	0.295	1258	1395	100
3.635-3.685	0.33	137	0.301	1229	1366	100
3.685-3.737	0.322	139	0.294	1232	1371	100
3.737-3.793	0.343	126	0.301	1242	1368	100
3.793-3.852	0.286	148	0.283	1219	1367	100
3.852-3.915	0.267	140	0.273	1234	1374	99
3.915-3.982	0.306	122	0.281	1261	1383	100
3.982-4.055	0.288	146	0.254	1223	1369	100
4.055-4.132	0.246	156	0.25	1216	1372	100
4.132-4.216	0.263	140	0.222	1257	1397	100
4.216-4.308	0.231	144	0.225	1233	1377	100
4.308-4.408	0.235	149	0.198	1243	1392	100
4.408-4.518	0.193	139	0.188	1234	1373	100
4.518-4.639	0.191	143	0.185	1264	1407	100
4.639-4.775	0.181	113	0.172	1261	1374	100
4.775-4.929	0.183	118	0.193	1284	1402	100
4.929-5.104	0.216	142	0.19	1248	1390	100
5.104-5.307	0.187	156	0.204	1243	1399	100
5.307-5.548	0.284	116	0.228	1274	1390	100
5.548-5.838	0.295	144	0.244	1261	1405	100
5.838-6.201	0.316	149	0.247	1261	1410	100
6.201-6.674	0.237	123	0.254	1299	1422	100
6.674-7.337	0.298	159	0.235	1264	1423	100
7.337-8.378	0.229	158	0.215	1275	1433	100
8.378-10.479	0.199	129	0.177	1331	1460	100
10.479-29.817	0.278	168	0.284	1335	1503	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.499	-0.564	-0.5876	0.8863	0.6016	0.9494	-0.0723	0.2482	0.0089	-0.038	-0.2014	-0.0424	0.0006	-0.1625	0.2081	0.6186	0.1191	0.0535	0.6825	-0.1497	0.5171	-61.8098	40.3655	0.5193
2	1.0866	0.1043	-0.406	1.195	-0.1237	0.4066	0.115	0.2457	-0.6479	0.1358	-0.1166	-0.3335	-0.0376	-0.0719	0.0254	0.446	-0.0514	0.1477	0.4974	-0.1921	0.7234	-64.3615	36.6867	24.8559
3	-0.593	-0.0745	1.0807	1.4073	-0.3424	1.4348	0.0756	0.056	0.2117	-0.0753	-0.4233	0.7699	0.0556	-0.179	0.2083	0.4302	0.0186	-0.0408	0.795	0.023	0.7967	-104.3744	79.5931	3.1155
4	0.8114	0.2803	0.2597	1.1735	0.952	-0.2017	-0.0494	0.1291	-0.1039	-0.3457	-0.0826	-0.0672	-0.2854	0.1319	0.166	0.5389	0.109	0.0035	0.5608	0.0052	0.333	-79.7869	78.2296	0.663
5	1.4511	-0.3761	0.0437	0.7451	0.6222	1.1293	0.1927	-0.1049	0.1268	-0.0052	0.042	0.1387	0.0649	0.0423	-0.1434	0.5314	0.0368	-0.0807	0.5235	-0.2268	0.828	-66.3983	-0.226	5.5432
6	0.4444	-0.0913	0.2272	0.6685	-0.4666	0.2155	0.0886	0.0651	-0.2402	0.2142	0.053	-0.2398	-0.143	0.029	-0.1477	0.5909	0.0854	0.0266	0.5328	-0.2074	0.6394	-41.9418	3.3736	4.7038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 295:427	A	295 - 427
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 428:573	A	428 - 573
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 295:427	B	295 - 427
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 428:573	B	428 - 573
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and resid 295:427	C	295 - 427
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and resid 428:573	C	428 - 573

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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