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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bf2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of native toluene-4-monooxygenase catalytic effector protein, T4moD | ||||||
![]() | TOLUENE-4-MONOOXYGENASE SYSTEM PROTEIN D | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CATALYTIC EFFECTOR PROTEIN / MAD PHASING / AROMATIC HYDROCARBON CATABOLISM / MONOOXYGENASE / TOLUENE OXIDATION / FAD / FLAVOPROTEIN / IRON | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lountos, G.T. / Mitchell, K.H. / Studts, J.M. / Fox, B.G. / Orville, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures and Functional Studies of T4Mod, the Toluene 4-Monooxygenase Catalytic Effector Protein 著者: Lountos, G.T. / Mitchell, K.H. / Studts, J.M. / Fox, B.G. / Orville, A.M. #1: ![]() タイトル: Solution Structure of the Toluene-4-Monooxygenase Effector Protein (T4Mod) 著者: Hemmi, H. / Studts, J.M. / Chae, Y.K. / Song, J. / Markley, J.L. / Fox, B.G. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and Preliminary Analysis of Native and N-Terminal Truncated Isoforms of Toluene-4-Monooxygenase Catalytic Effector Protein 著者: Orville, A.M. / Studts, J.M. / Lountos, G.T. / Mitchell, K.H. / Fox, B.G. #3: ジャーナル: Protein Expr.Purif / 年: 1999 タイトル: Application of Fed-Batch Fermentation to the Preparation of Isotopically Labeled or Selenomethionyl-Labeled Proteins 著者: Studts, J.M. / Fox, B.G. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Combined Participation of Hydroxylase Active Site Residues and Effector Protein Binding in a Para to Ortho Modulation of Toluene-4-Monooxygenase Regiospecificity 著者: Mitchell, K.H. / Studts, J.M. / Fox, B.G. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Recombinant Toluene-4-Monooxygenase: Catalytic and Mossbauer Studies of the Purified Diiron and Rieske Components of a Four-Protein Complex 著者: Pikus, J.D. / Studts, J.M. / Achim, C. / Kauffmann, K.E. / Munck, E. / Steffan, R.J. / Mcclay, K. / Fox, B.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11497.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KR1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | pH: 4.7 詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 975MM SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 4.7, 400 MM NACL AND 50 MM SUCCINATE PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7433 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→37 Å / Num. obs: 19009 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 78.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37 Å
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拘束条件 |
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