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- PDB-3pa6: Structure of the N-terminal BRCT domain of human microcephalin (MCPH1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pa6
タイトルStructure of the N-terminal BRCT domain of human microcephalin (MCPH1)
要素Microcephalin
キーワードCELL CYCLE / BRCT DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome condensation / neuronal stem cell population maintenance / regulation of centrosome cycle / protein localization to centrosome / establishment of mitotic spindle orientation / Condensation of Prophase Chromosomes / bone development / cerebral cortex development / mitotic cell cycle / regulation of inflammatory response ...regulation of chromosome condensation / neuronal stem cell population maintenance / regulation of centrosome cycle / protein localization to centrosome / establishment of mitotic spindle orientation / Condensation of Prophase Chromosomes / bone development / cerebral cortex development / mitotic cell cycle / regulation of inflammatory response / centrosome / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microcephalin-like / Microcephalin, mammal / Microcephalin protein / twin BRCT domain / BRCT domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold ...Microcephalin-like / Microcephalin, mammal / Microcephalin protein / twin BRCT domain / BRCT domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Singh, N. / Heroux, A. / Thompson, J.R. / Mer, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the N-terminal BRCT domain of human microcephalin (MCPH1)
著者: Singh, N. / Heroux, A. / Thompson, J.R. / Mer, G.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microcephalin
B: Microcephalin
C: Microcephalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2974
ポリマ－36,2623
非ポリマー351
水5,639313
1
A: Microcephalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1232
ポリマ－12,0871
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Microcephalin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0871
ポリマ－12,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Microcephalin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0871
ポリマ－12,0871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.069, 39.274, 106.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Microcephalin


分子量: 12087.342 Da / 分子数: 3 / 断片: BRCT DOMAIN, UNP residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCPH1 / プラスミド: pGB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NEM0
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 %
結晶化温度: 295 K / pH: 7
詳細: 0.2M sodium succinate, 15% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979095
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979095 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.53 Å / Num. obs: 41554 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 46.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 43.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL2Mapモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→35.53 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 2032 4.89 %
Rwork0.144 --
obs0.146 41554 88.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 78.52 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6965 Å20 Å2-4.1618 Å2
2--2.0072 Å20 Å2
3----11.382 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2260 0 1 313 2574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3393249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.97871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.501-1.55460.2762820.23151800X-RAY DIFFRACTION41
1.5546-1.61690.21431180.19622794X-RAY DIFFRACTION63
1.6169-1.69050.22021810.17073797X-RAY DIFFRACTION85
1.6905-1.77960.20542140.15514383X-RAY DIFFRACTION99
1.7796-1.89110.19272360.14214403X-RAY DIFFRACTION100
1.8911-2.03710.20682350.11614421X-RAY DIFFRACTION100
2.0371-2.24220.17332510.11554403X-RAY DIFFRACTION100
2.2422-2.56660.1922510.11894436X-RAY DIFFRACTION100
2.5666-3.23370.19622040.13024530X-RAY DIFFRACTION100
3.2337-106.87130.17422600.15524555X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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