PDB-2bas: Crystal Structure of the Bacillus subtilis YkuI Protein, with an ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bas

タイトル

Crystal Structure of the Bacillus subtilis YkuI Protein, with an EAL Domain.

要素

YkuI protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / YkuI protein / EAL domain / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

YkuI, C-terminal / EAL-domain associated signalling protein domain / EAL domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Miller, D.J. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of YkuI and its complex with second messenger cyclic Di-GMP suggest catalytic mechanism of phosphodiester bond cleavage by EAL domains.
著者: Minasov, G. / Padavattan, S. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Miller, D.J. / Basle, A. / Massa, C. / Collart, F.R. / Schirmer, T. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2005年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bas.cif.gz	182 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bas.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bas.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bas_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bas_full_validation.pdf.gz	474 KB	表示
XML形式データ	2bas_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	2bas_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2bas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2bas	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w27C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w27-d 2bxk-d 4bke-d 6wuw-1 6wuw-2 5n98-2 5wai-2 6l4k-1 5gix-1 1fft-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC1285

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YkuI protein

B: YkuI protein

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.335, 125.271, 167.962
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Polypeptide chains A and B represent the biological assembly, which is a homo-dimer.

#1: タンパク質	YkuI protein 分子量: 51266.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ykuI / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: O35014
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium Acetate thrihydrate, 0.1M Tris Hydrochloride, 30% PEG 4000., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月19日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 30096 / Num. obs: 30096 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.97 % / B_iso Wilson estimate: 79 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.54
反射シェル	解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 2.99 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 8054 / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.61→24.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 27.841 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Atomic isotropic B-factor refinement
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.465 / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	1505	5 %	RANDOM
R_work	0.20255	-	-	-
obs	0.20678	28591	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→24.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6656	0	4	255	6915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	6811
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.257	1.968	9198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.459	5	795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.908	24.489	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.235	15	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.833	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.161	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.118	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.394	1.5	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.975	2	6404
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.376	3	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.766	4.5	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.676 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	96	-
R_work	0.282	1822	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.312	0.7651	-1.2407	2.8229	2.9033	8.1633	-0.0144	-0.3844	0.3995	0.1898	-0.033	-0.0375	0.4854	0.2948	0.0474	0.0049	0.0204	0.0357	-0.0559	0.0092	-0.2369	26.2896	62.4369	90.4927
2	6.0436	2.7378	-3.2219	4.2189	-0.3343	9.4204	-0.0261	0.2988	0.4306	0.1979	-0.1132	0.5296	0.5966	-0.9835	0.1393	-0.0916	-0.0603	0.0694	-0.164	-0.0878	-0.27	22.3552	57.6539	71.8661
3	0.2737	0.0289	-3.2072	2.7493	0.9664	38.2026	-0.0771	-0.2647	-0.3949	0.9551	-1.3107	0.4795	2.6087	-1.8635	1.3878	0.6857	-0.4603	0.3002	0.2014	-0.108	-0.1032	14.9677	43.196	65.1106
4	10.5529	2.3723	-12.5553	9.2814	-3.6734	31.026	-0.9191	0.8794	-1.0876	-0.8902	-0.1097	0.1405	2.254	-0.6277	1.0287	-0.1385	0.0524	-0.0591	-0.1576	-0.1716	-0.2177	24.7845	46.9001	32.0216
5	7.7486	1.4488	1.3192	4.896	-0.5678	6.3578	0.0505	0.6576	-0.08	-0.4551	-0.1135	0.0131	0.1759	0.1837	0.0631	-0.418	0.0287	0.02	-0.2442	-0.0461	-0.3418	29.0431	58.9917	36.3913
6	1.764	-0.062	-0.0621	15.4486	4.502	4.5541	-0.0033	-0.4391	0.4204	0.6959	0.1332	-0.1115	-0.8071	0.3772	-0.1299	-0.1589	-0.0956	0.1348	-0.1573	-0.0092	0.1167	41.082	95.5671	54.4459
7	0.9642	0.326	-1.1474	9.6111	-4.9465	7.4621	0.0382	-0.3509	0.81	0.9665	0.3657	0.8601	-1.0304	-0.6493	-0.404	-0.1548	0.0278	0.0731	-0.0754	-0.0477	0.2234	28.7013	83.6071	54.2391
8	4.3123	2.0579	-1.3646	6.7023	-1.2453	4.1596	0.2049	-0.0042	0.1418	0.0165	-0.1006	-0.8537	-0.375	0.2422	-0.1043	-0.4816	0.018	0.0529	-0.2712	-0.0592	-0.1651	43.0923	73.3144	50.5037
9	2.5764	7.1181	-2.5768	41.0475	-11.4633	6.6466	-0.2696	0.1415	-0.6372	0.4264	0.2394	-1.0425	1.2294	0.4498	0.0302	0.0136	0.2878	0.0272	-0.1395	-0.0406	-0.0478	45.8088	43.543	51.5147
10	6.4355	-2.2998	-0.8823	10.2213	3.1524	8.3553	-0.1588	-0.1901	-0.8128	1.0229	0.2681	-0.3286	1.8603	0.4995	-0.1092	0.7841	0.1234	0.0989	-0.2358	0.0238	-0.0712	36.1464	37.7691	64.8415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 155	26 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	156 - 244	180 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	245 - 267	269 - 291
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	268 - 290	292 - 314
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	291 - 407	315 - 431
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	0 - 75	24 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	76 - 189	100 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	190 - 248	214 - 272
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	249 - 293	273 - 317
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	294 - 400	318 - 424

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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