PDB-5n98: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with TA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n98

タイトル

Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with TAGGGTTTT

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')

キーワード

HYDROLASE / Helicase DExH ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / DNA geometric change / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / G-quadruplex RNA binding / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / hydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.756 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Molecular Mechanistic Insights into Drosophila DHX36-Mediated G-Quadruplex Unfolding: A Structure-Based Model.
著者: Chen, W.F. / Rety, S. / Guo, H.L. / Dai, Y.X. / Wu, W.Q. / Liu, N.N. / Auguin, D. / Liu, Q.W. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Xi, X.G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n98.cif.gz	712.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n98.ent.gz	587.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n8rSC 5n8sC 5n90C 5n94C 5n96C 5n9aC 5n9dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n96-2 5n8s-2 5n94-1 1kmh-d 5n8u-1 5n8r-2 5n8z-1 5n9a-1 5n8z-2 5n96-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')

D: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')

ヘテロ分子

222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	303.408, 51.615, 164.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.43, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, EC: 3.6.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPAPGPGPGPTPTPTPT)-3') 分子量: 2776.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / Density meas: 54.3 Mg/m³ / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrat

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.756→56.84 Å / Num. obs: 56626 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 48.6 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1123 / Net I/σ(I): 10.28
反射シェル	解像度: 2.756→2.855 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 6072 / CC_1/2: 0.721 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2427: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r

解像度: 2.756→56.84 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.73

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2365	2827	4.99 %	5%
R_work	0.1746	-	-	-
obs	0.1778	56612	92.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.756→56.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13643	374	5	135	14157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	14304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.578	19377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.674	8804
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	2177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7561-2.8036	0.3702	145	0.2638	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8036-2.8546	0.2914	166	0.2442	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8546-2.9095	0.3703	125	0.248	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9095-2.9689	0.3517	154	0.2453	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9689-3.0335	0.3529	152	0.2444	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0335-3.104	0.2877	145	0.2327	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.104-3.1817	0.3121	154	0.2312	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1817-3.2677	0.2636	140	0.2113	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2677-3.3639	0.2675	141	0.1985	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3639-3.4724	0.2589	80	0.2032	1180	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4724-3.5965	0.2918	136	0.2034	2465	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5965-3.7405	0.2695	118	0.1902	2185	X-RAY DIFFRACTION	75
3.7405-3.9108	0.2542	79	0.1685	1675	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9108-4.117	0.2176	152	0.1438	2733	X-RAY DIFFRACTION	96
4.117-4.3749	0.1869	146	0.13	2927	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3749-4.7126	0.1661	142	0.1197	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7126-5.1868	0.1869	157	0.1261	2885	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1868-5.9372	0.2187	179	0.1532	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9372-7.4794	0.2263	144	0.1722	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4794-81.6891	0.1721	172	0.1592	3025	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4739	-0.0261	-1.0023	0.5988	-1.0723	5.1307	0.1468	-0.0422	0.0937	-0.0794	0.1313	0.1575	-0.4531	-0.6232	-0.2878	0.3865	0.0395	-0.0206	0.3774	-0.0436	0.4216	-59.4996	-0.4656	28.2922
2	2.898	-0.1125	-0.0296	0.5651	-0.1376	0.8943	0.0314	-0.3647	-0.1102	0.0715	-0.0107	-0.1087	0.078	0.0311	-0.0133	0.3235	-0.0144	-0.0325	0.3701	-0.0241	0.265	-37.9505	-19.048	59.8596
3	2.9856	-1.1639	1.0278	0.674	-0.5205	1.2964	-0.0383	-0.1189	-0.1381	-0.0221	0.1092	-0.0856	0.0178	0.1633	-0.0724	0.3183	-0.0603	-0.0315	0.3504	-0.0285	0.388	-29.3202	-15.2931	44.784
4	0.9758	-0.1963	-0.1717	1.8669	-0.3231	1.5734	0.0326	0.0627	-0.0164	-0.0329	-0.0385	-0.2049	-0.1582	0.0717	0.0209	0.3642	-0.0419	-0.033	0.2376	-0.0366	0.2755	-40.2272	-11.2976	19.3653
5	1.0151	0.1822	0.6627	0.7007	0.9503	3.2747	0.0398	-0.3345	0.0453	-0.1055	0.0092	-0.0012	-0.1679	0.3406	-0.0474	0.2569	-0.0492	0.0234	0.3747	0.0293	0.31	-92.6467	-20.414	53.5656
6	1.8462	-0.8223	-0.5321	0.7357	0.5007	1.0166	0.0335	-0.2239	-0.0478	-0.1413	-0.0065	0.133	-0.0182	-0.2385	-0.0162	0.2657	-0.0432	-0.0333	0.3497	0.0414	0.3271	-121.2966	-22.4098	53.8757
7	1.7095	-0.279	0.1981	1.7481	0.3472	2.4381	0.0842	0.1295	0.0349	-0.2065	-0.0392	0.159	-0.1087	-0.0992	-0.046	0.4781	0.0164	0.0071	0.2171	0.0495	0.238	-109.5634	-26.1669	22.3178
8	8.2176	0.322	-3.8475	3.9433	-0.5023	5.5643	0.2376	-0.32	-0.0127	-0.1372	-0.3259	0.1744	-0.0855	-0.5739	-0.012	0.426	0.0444	-0.153	0.5214	-0.0647	0.384	-32.2123	-16.1287	37.3885
9	9.2838	0.2783	4.4436	5.5229	-0.0806	6.3506	-0.1138	0.1173	-0.4681	-0.0642	-0.2063	-0.1769	0.1202	0.3578	0.2488	0.4461	0.0302	0.0893	0.3479	0.0407	0.3318	-115.7175	-21.3258	40.9393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 418 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 419 through 649 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 650 through 929 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 54 through 300 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 301 through 649 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 650 through 929 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2 through 10 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 2 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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