PDB-5n96: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with AG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n96

タイトル

Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with AGGGTTTTTT

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

キーワード

HYDROLASE / Helicase DExH ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / DNA geometric change / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / G-quadruplex RNA binding / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / hydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.716 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Molecular Mechanistic Insights into Drosophila DHX36-Mediated G-Quadruplex Unfolding: A Structure-Based Model.
著者: Chen, W.F. / Rety, S. / Guo, H.L. / Dai, Y.X. / Wu, W.Q. / Liu, N.N. / Auguin, D. / Liu, Q.W. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Xi, X.G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info ...pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n96.cif.gz	716.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n96.ent.gz	592.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n96	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n8rSC 5n8sC 5n90C 5n94C 5n98C 5n9aC 5n9dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n90-2 5n9e-1 5n8r-2 5n9a-1 5n8z-1 5n90-1 5n9f-1 5n9d-1 5n9e-2 5n94-2 5n8z-2 5n9f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

D: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

ヘテロ分子

223 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	303.389, 51.316, 164.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.57, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, EC: 3.6.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PAPGPGPGPTPTPTPTPTPT)-3') 分子量: 3081.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / Density meas: 54.3 Mg/m³ / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.716→56.65 Å / Num. obs: 61776 / % possible obs: 97.57 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 50.38 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.1022 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.716→2.813 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.7207 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 6222 / CC_1/2: 0.778 / % possible all: 99.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2427: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r

解像度: 2.716→56.65 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.01

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2481	3130	5.07 %	5%
R_work	0.1797	-	-	-
obs	0.1832	61759	97.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.716→56.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13643	382	2	129	14156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	14307
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.409	19385
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.655	8808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	2179
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7162-2.7587	0.3497	147	0.2775	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7587-2.8039	0.3758	137	0.2625	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8039-2.8523	0.3124	134	0.2448	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8523-2.9041	0.3347	142	0.2509	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9041-2.96	0.3173	154	0.246	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.0204	0.3033	150	0.2451	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0204-3.0861	0.2978	131	0.2349	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0861-3.1579	0.3563	133	0.2341	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1579-3.2368	0.3355	146	0.2302	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2368-3.3244	0.2553	122	0.2131	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3244-3.4222	0.3049	175	0.2063	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4222-3.5326	0.2999	88	0.2	2119	X-RAY DIFFRACTION	79
3.5326-3.6589	0.2526	129	0.2011	2454	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6589-3.8054	0.2603	141	0.1789	2465	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8054-3.9785	0.2487	139	0.1602	2550	X-RAY DIFFRACTION	93
3.9785-4.1882	0.2042	149	0.1444	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1882-4.4506	0.2118	167	0.1326	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4506-4.7941	0.1843	147	0.1288	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7941-5.2764	0.2087	144	0.1393	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2764-6.0395	0.2646	148	0.1681	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0395-7.6074	0.222	158	0.1717	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
7.6074-66.3062	0.1802	149	0.1544	2878	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0917	0.0868	-0.0857	0.77	-0.44	2.9575	0.1287	-0.4136	-0.109	0.1237	0.006	0.0733	0.1821	-0.2901	-0.1505	0.3011	-0.1199	-0.003	0.348	-0.0228	0.3244	-54.572	-17.1242	51.1921
2	2.662	-0.5933	-0.4822	0.7397	0.0551	1.4792	0.0243	-0.3499	-0.1387	0.0375	-0.0496	-0.2138	0.0661	0.4527	0.0426	0.3916	-0.1108	-0.0918	0.4867	0.0404	0.4393	-23.8728	-17.7549	52.4391
3	1.0772	-0.1098	-0.1934	0.9429	0.1232	1.8085	0.0543	0.0694	0.067	-0.0672	-0.0753	-0.196	-0.2012	0.0892	0.0225	0.4092	-0.0714	0.0086	0.2475	0.0195	0.318	-41.9706	-8.9281	22.6045
4	1.2283	-0.0464	0.6286	0.5618	0.6992	3.8253	0.1429	0.1621	-0.1612	-0.1041	0.1034	-0.1027	0.3836	1.0354	-0.2646	0.4369	0.0492	-0.0015	0.4263	-0.0104	0.3616	-87.364	-35.8312	29.8609
5	3.1982	0.6794	-0.1049	1.1688	0.6761	2.0647	0.248	-0.8348	0.4976	0.0112	-0.1592	0.1975	-0.595	0.2054	-0.0487	0.4914	-0.1583	0.0833	0.748	-0.1326	0.3763	-93.3531	-10.6653	70.3524
6	1.8398	0.0942	0.4951	2.0705	0.2412	2.4233	-0.0076	-0.4925	0.1701	0.0135	0.0197	0.0603	-0.3642	0.3097	-0.0246	0.3267	-0.0951	0.1149	0.4351	-0.0265	0.2929	-95.2647	-18.4512	55.6517
7	2.118	-0.4157	-0.6332	1.0126	0.4008	1.8286	-0.0623	-0.4062	-0.0496	-0.1442	0.0321	0.3708	-0.3728	-0.6376	0.009	0.3557	0.058	-0.0018	0.6444	0.0134	0.4467	-130.0771	-18.2459	59.8568
8	3.0014	-1.8253	-0.6702	1.4085	1.4034	2.4603	0.0545	-0.3719	0.0737	-0.4203	-0.0446	0.0394	-0.39	-0.3274	-0.0023	0.349	-0.0023	0.0417	0.4312	0.0604	0.3223	-120.481	-19.8986	52.6839
9	2.1813	0.0517	-1.0502	0.9387	-0.2906	4.6743	-0.0033	-0.1386	-0.3023	-0.2784	0.0817	0.1593	0.6878	0.1222	-0.1272	0.421	-0.0367	-0.0332	0.1934	0.0097	0.4361	-100.0687	-38.5313	38.9359
10	2.1091	-0.3212	0.3523	1.4177	0.0563	1.8887	0.0126	0.0441	0.0849	-0.1529	0.0099	0.1372	-0.2908	-0.1886	-0.0255	0.5723	-0.0141	0.0306	0.2365	0.0219	0.2976	-112.0741	-21.2251	25.364
11	3.495	-0.0881	0.8082	1.2628	0.3473	3.459	0.302	0.2783	-0.2855	-0.3818	-0.109	0.1056	0.4549	0.1998	-0.2328	0.6761	0.0463	-0.0274	0.2676	-0.0601	0.3209	-101.4389	-39.1928	13.4435
12	7.0741	-1.1566	-1.4077	2.1426	0.5116	3.1202	0.2276	-0.5288	-0.1403	-0.2097	-0.2755	-0.4401	-0.0195	0.1652	-0.0158	0.4948	-0.1148	-0.037	0.3164	0.0012	0.4545	-33.1797	-16.2372	37.2335
13	8.0348	-0.7251	0.8248	2.1884	-0.2288	2.5379	-0.1197	0.264	-0.298	-0.0149	-0.1564	0.2254	0.0704	0.1509	0.2383	0.4431	-0.0202	0.0685	0.2969	0.0554	0.3996	-114.979	-21.2552	40.4801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 264 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 265 through 584 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 585 through 929 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 54 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 124 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 197 through 300 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 301 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 463 through 584 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 585 through 649 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 650 through 852 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 853 through 929 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 11 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 2 through 11 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)